東南亞及南亞地區(qū)稻屬AA組資源SSR多樣性與遺傳結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、東南亞及南亞地區(qū)是亞洲栽培稻的起源地，稻屬AA組種質(zhì)資源十分豐富。由于存在眾多的可利用的優(yōu)異基因，野生稻已成為栽培稻遺傳改良的重要基因源。隨著生物技術(shù)的發(fā)展，從分子水平對(duì)稻屬種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳評(píng)價(jià)和利用已引起育種家的高度關(guān)注。本文采用分布于水稻12對(duì)染色體中的36個(gè)SSR標(biāo)記對(duì)東南亞及南亞地區(qū)12國(guó)家的428份材料進(jìn)行遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)的研究。研究結(jié)果如下： 1、東南亞及南亞地區(qū)亞洲栽培稻遺傳多樣性較為豐富(Na=239；He=

2、0.604)。36對(duì)SSR引物均顯示多態(tài)性，多態(tài)位點(diǎn)百分率達(dá)100％。其中秈稻的Nei基因多樣性指數(shù)(He=0.530)小于粳稻(He=0.600)，且達(dá)到顯著水平，表明該區(qū)域粳稻的SSR遺傳變異比秈稻豐富。AMOVA分析顯示：栽培稻亞種間的遺傳分化及其地區(qū)間、國(guó)家間的遺傳分化均達(dá)極顯著水平。聚類(lèi)分析中，亞洲栽培稻聚成一個(gè)粳稻和兩個(gè)秈稻共三個(gè)類(lèi)群，其中部分材料表現(xiàn)為秈粳中間型；除柬埔寨、老撾及馬來(lái)西亞的材料相對(duì)集中外，聚類(lèi)結(jié)果與地理類(lèi)群

3、符合度較低。 2、36對(duì)SSR引物在東南亞及南亞地區(qū)AA組稻種中共擴(kuò)增出311個(gè)等位基因，每個(gè)位點(diǎn)3～17個(gè)，平均8.6。平均Nei基因多樣性指數(shù)(He)為0.650，變幅為0.337(RM455)～0.865(RM169)。東南亞AA組稻種的SSR遺傳多樣性大于南亞。兩地區(qū)又以普通野生稻的Nei基因多樣性指數(shù)(He)最大。AMOVA分析表明該區(qū)域種(類(lèi)型)間遺傳變異占總變異的10.16％以上，達(dá)到極顯著水平(P＜0.001)；

4、種(類(lèi)型)間以尼瓦拉野生稻與亞洲栽培稻間遺傳分化程度最高(Fst=0.115)，普通野生稻與雜草型野生稻間最低(Fst=0.034)。南亞地區(qū)種(類(lèi)型)間的遺傳變異百分比(13.27％)略高于東南亞(12.96％)，種(類(lèi)型)內(nèi)則以尼瓦拉野生稻最高(Fst=0.197)，其中普通野生稻和雜草型野生稻在兩地區(qū)間的遺傳分化沒(méi)有達(dá)到顯著水平(P＞0.05)。特異等位基因的數(shù)量、涉及的位點(diǎn)數(shù)及頻率均表明東南亞及南亞稻屬AA組間具有較大的遺傳差異

5、，而某些特異位點(diǎn)(如RM161)等位基因所顯示的較高頻率，則表明該位點(diǎn)較高的鑒別效率。 3、對(duì)212份東南亞及南亞地區(qū)AA組稻種的遺傳結(jié)構(gòu)分析顯示：栽培稻亞種間的遺傳距離大于種間的遺傳距離，且秈亞種與野生稻間的遺傳距離較粳亞種近；普通野生稻與尼瓦拉野生稻間遺傳距離最近。基于Nei遺傳距離的聚類(lèi)分析中，212份材料聚為粳稻類(lèi)群(Cluster-1)、秈稻類(lèi)群(Cluster-2)和野栽混合類(lèi)群(Cluster-3)共三大類(lèi)，其中C