J亞群禽白血病病毒蛋雞分離株SD07LK1全基因組核苷酸序列的比較分析.pdf

1、J亞群禽白血病病毒(Subgroup J of Avian Leukosis Virus，ALV-J)是90年代最初從商品代肉雞中分離鑒定出來的禽白血病病毒(AvianLeukosis Virus，ALV)新的亞群，根據(jù)病毒中和試驗、交叉干擾試驗和基因組序列，確定它與經(jīng)典的A，B，C，D，E亞型ALV不同。ALV-J主要引起肉雞的骨髓瘤白血病(Myloid Leucosis，ML)。我國于1999年首先在肉用型雞群分離鑒定出ALV-J的

2、中國株。 本研究以J亞群禽白血病病毒(ALV-J)蛋雞分離株SD07LK1感染的雞胚成纖維細(xì)胞(CEF)基因組DNA作為其前病毒基因組模板，根據(jù)已發(fā)表序列設(shè)計合成9對引物，經(jīng)PCR擴(kuò)增出9段連續(xù)的、相互部分重疊的DNA片段和閉合環(huán)形前病毒兩末端LTR的連接區(qū)段，并分別連入T載體進(jìn)行克隆、測序。然后利用DNAstar軟件對測序結(jié)果進(jìn)行剪輯和拼接，首次完成了ALV-J蛋雞分離株SD07LK1的前病毒全基因組核苷酸序列。將該序列與另外

3、已完成的全基因組序列的比較表明，ALV-J的整個基因組gag和pol基因相對保守，各毒株間對應(yīng)基因的同源性分別在95.0％以上，env基因的同源性僅為88.6-94.0％。 結(jié)果表明，該毒株的cDNA基因組有7734個堿基。ALV-J的主要基因和基因組功能片段是5' LTR、gag基因、pol基因、env基因、3' LTR，上述各個基因產(chǎn)物及基因組功能片段又包括若干個亞片段。本研究將J亞群禽白血病病毒中國蛋雞分離株株SD07LK

4、1與英國病毒株HPRS-103、美國病毒株ADOL-7501及中國肉雞分離株NX0101的各基因片段做了比較(SD07LK1與HPRS-103、ADOL-7501及NX0101，以下比較均按此順序)：5' LTR的核甘酸序列同源性為95.4％、92.6％、94.2％。5' LTR區(qū)由U3、R、U5構(gòu)成，對這三個基因片段進(jìn)行比較，其同源性分別為95.5％、91.1％、93.8％：100％、100％、100％；93.6％、94.9％、93.

5、6％。5' UTR的核甘酸序列同源性為95.5％、95.0％、96.3％。 gag基因的氨基酸序列同源性為98.0％、96.6％、96.6％。gag基因負(fù)責(zé)編碼病毒內(nèi)部結(jié)構(gòu)核衣殼蛋白，主要有：p19、p2、p10、p27、p12、p15。對gag基因的不同編碼產(chǎn)物與HPRS-103、ADOL-7501及NX0101的相應(yīng)基因序列作比較，其同源性分別為96.8％、94.8％、98.1％；100％、100％、100％；98.4％、

6、100.O％、98.4％；100.0％、97.1％、94.1％；95.5％、96.6％、94.4％；96.8％、95.2％、99.2％。 pol基因編碼一種反轉(zhuǎn)錄酶，其氨基酸序列同源性為98.9％、99.1％、98.1％。pol基因的編碼產(chǎn)物是RT p68和IN p32。對pol基因的不同編碼產(chǎn)物做了比較，其同源性為99.0％、99.7％、97.9％：99.3％、97.9％、98.3％。 囊膜蛋白env基因的同源性為9

7、1.6％、87.3％、91.7％。env基因由gp85基因和gp37基因組成，對其氨基酸序列作比較，同源性為89.0％、81-8％、89.3％；93.9％、93.4％、93.9％。 3' UTR基因的核甘酸序列同源性為86.0％、87.9％、67.2％。 3' LTR的核甘酸序列同源性為95.4％、92.0％、93.5％。3' LTR區(qū)由U3、R、U5構(gòu)成，對這三個基因片段進(jìn)行比較，其同源性分別為95.6％、91.2％、