sci_論文寫作剖析

1、好文章，三要素,張輝中山大學(xué)人類病毒學(xué)研究所 Email: zhangh92@mail.sysu.edu.cn,SCI (Science citation index) 由美國科學(xué)信息研究所(ISI)1961年創(chuàng)辦出版的引文數(shù)據(jù)庫 SCI(科學(xué)引文索引 )、EI (工程索引 )、ISTP (科技會議錄索引 ) 是世界著名的三大科技文獻(xiàn)檢索系統(tǒng) SCI 論文：在SCI所收錄的科學(xué)期刊上

2、發(fā)表的論文,影響因子 (impact factor，IF),,指的是某一期刊的文章在特定年份或時(shí)期被引用的頻率，是衡量 學(xué)術(shù)期刊 影響力的一個(gè)重要指標(biāo)。 計(jì)算方式：某雜志2008年的IF： 2006，2007兩年論文在2008年被引總數(shù)，除以在2006，2007兩年所發(fā)論文總數(shù)。,雜志的IF愈高，品牌效應(yīng)愈大，審稿更嚴(yán)格，投稿 難度愈大 但是，發(fā)表在IF高的雜志，不見得學(xué)術(shù)價(jià)值就大。 單篇學(xué)術(shù)論文的引用頻率更重

3、要。引用頻率愈高， 其學(xué)術(shù)價(jià)值愈大。 所發(fā)雜志的IF高，單篇的引用頻率也高，就是最有 價(jià)值的論文？也不見然,,,,IF：5-6 Citations：~40,,,,,,,,一篇SCI學(xué)術(shù)論文的產(chǎn)生流程：,提出假說實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì) + 預(yù)實(shí)驗(yàn)全面展開實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析論文寫作與修改送出發(fā)表補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)和回答審稿人的問題,,,,,,,至少3月，一般半年，可達(dá)1-2年,,,Read + Hard work

4、+ Pray,自己掌握時(shí)間,第一階段,第二階段,第三階段,,好文章 三要素 1、 好主意 （Good idea) 2、 有邏輯的結(jié)構(gòu) （Logic structure) 3、 精美的數(shù)據(jù) （Beautiful data),1、 好主意 （假說）,眼光 （Vision） 知識面（Knowledge) 靈感 (Inspiration) 機(jī)遇 (Chance) 計(jì)算 (Calculatio

5、n) 勇氣 (Courage),新穎性和意義（Novelty and significance),（1） 眼光 （Vision）洞察力手握水晶球預(yù)見未來的能力 預(yù)知本學(xué)科發(fā)展的方向 既考導(dǎo)師也考你,諾查丹瑪斯的預(yù)言李淳風(fēng)與袁天罡的推背圖劉伯溫的燒餅歌,（2）靈感 (Inspiration) “鬼點(diǎn)子” “腦筋急轉(zhuǎn)彎”

6、多與導(dǎo)師，同學(xué)討論，互相啟發(fā)。,真理面前, 人人平等,（3）知識面（Knowledge),本行：“熟讀唐詩三百首，不會作詩也會吟”,他行：“他山之石，可以攻玉” 不相關(guān)：“功夫在詩外”,尤其是要緊跟本行中的最新進(jìn)展，積極追蹤時(shí)尚元素,讀文獻(xiàn)十問,1 此文解決了什么問題？2 你能用一句話概括此文的中心思想嗎？3 此文的logic flow清楚嗎？試簡述之4 此文最重要，最創(chuàng)新的的圖表（數(shù)據(jù)）是哪一個(gè)？5

7、 此文最切合主題圖表（數(shù)據(jù)）是哪一個(gè)？ 此文最大的紕漏是什么？ 若你是此文的第一作者，你下一步干嘛？ 哪個(gè)圖表最值得你學(xué)習(xí)和效仿？9 有值得你學(xué)習(xí)的實(shí)驗(yàn)方法嗎？10 你最欣賞哪句英語？,（Journal club上要回答的問題）,(4) 機(jī)遇 （Chance）Chance favors the prepared mind機(jī)遇偏愛有準(zhǔn)備的頭腦-巴斯德,什么是“有準(zhǔn)備的頭腦”？1、有足夠的知識面2、有所需

8、的技術(shù)3、正在從事類似的工作 （位置站得不錯）4、完成了前期工作（打伏擊戰(zhàn)）,Nature, July 2002,Nature, May 2003,November 2003,,,（5）計(jì)算 (Calculation) 自己，對手，時(shí)間，資源，風(fēng)險(xiǎn)………….. 知己知彼，百戰(zhàn)不殆------孫子夫未戰(zhàn)而廟算勝者，得算多也；未戰(zhàn)而廟算不勝者，得算少也。多

9、算勝，少算不勝，而況于無算乎-----孫子凡事預(yù)則立，不預(yù)則廢-----禮記·中庸,（6）勇氣 (Courage) 若你的發(fā)現(xiàn)是真的，而你所從事的工作又在熱點(diǎn)上，那你就有競爭者。idea愈好，競爭愈烈。-----本人 因此，要有強(qiáng)烈的競爭意識和危機(jī)感：,兩軍相逢勇者勝----劉伯承,古代劍客們,在與對手狹路相逢時(shí),無論對手有多么強(qiáng)大,就算對方是天下第一劍客,明知不敵,也要亮出自己的寶劍，即使倒在對手的劍下,也

10、雖敗猶榮.這就是亮劍精神----李云龍,若遇到可發(fā)CNS文章的課題，哪怕不吃不喝，睡在實(shí)驗(yàn)室，也要把工作盡早完成 -----An unknown PhD student,2、結(jié)構(gòu) （Logic structure),編一個(gè)完整的故事 （Make a perfect story)組織你的數(shù)據(jù)，從生化實(shí)驗(yàn), 動物實(shí)驗(yàn), 到臨床實(shí)驗(yàn)

11、。做實(shí)驗(yàn)的順序和論文的順序會大不相同,邏輯流 （Logic flow ） 內(nèi)涵與外延，因果，判斷和推理等等,學(xué)一點(diǎn)形式邏輯,每張圖表、每個(gè)數(shù)據(jù)的重要性是不一樣的 （骨骼與肌肉的關(guān)系）,搶先回答別人可能的問題,3、 精美的數(shù)據(jù) （Beautiful data),對照 （Control! Control!! Control!!!),叫人印象深刻的發(fā)現(xiàn)

12、(Impressive findings),多重驗(yàn)證 （同一結(jié)果，兩種以上的方法證實(shí)） 公認(rèn)的技術(shù)驗(yàn)證,統(tǒng)計(jì)學(xué)分析樣本量統(tǒng)計(jì)方法說服你自己,問泉那得清如許為有源頭活水來,實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家 （Experimental biologist）： 是手巧的工匠，更是思想家,Biochemical Purification and Identification of AP

13、OBEC3G-Associated Proteins by Tandem Purification Assay (TAP),,“腦筋急轉(zhuǎn)彎”,MicroRNA 有可能抑制了HIV-1什么環(huán)節(jié)， 而且有重大意義？ 在潛伏感染時(shí)，HIV-1的蛋白表達(dá)明顯減少， 是不是由于miRNA抑制所致？,,,,,,,,,,,,,,,,,Genomic DNA,Pol II,Drosha,Exportin5,Dicer,Pri-m

14、iRNA,Pre-miRNA,miRNA,Target mRNA,protein,miRISC,,,P-body,Generation and function of microRNA,,,HIV-1的生活周期,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,結(jié)合受體,膜融合和進(jìn)入,反向轉(zhuǎn)錄,入核和整合,轉(zhuǎn)錄,出核,裝配,翻譯,出芽,成熟,RNA,DNA,前病毒,RNA,病毒蛋白質(zhì),病毒顆粒,,,,,,HIV-1

15、 latencyPre-integration latency. (APOBEC3G could play a key role).Post-integration latency. The major HIV-1 reservoir in the post-HAART era.,,,,,,,,Resting CD4 T-cells,Activated or incompleted activated CD4 T-cell

16、s,Activation,Formation of post-integration HIV-1 latency,No stimulation,Mechanism of HIV-1 post-integration latencyTranscriptional inefficiencyNF- kB, NFAT, CDK9, Cyclin T1 Tat proteinPost-transcriptional suppres

17、sionRev,Adapted from Han and Siliciano. Nature Medicine 2007. 13: 1138-40,Furtado, M. R. et al. N EJ M. 340, 1614-22 (1999).Chun, T. W. et al. PNAS. 100, 1908-13 (2003).Lassen, K. G. et al.PLoS Pathog 2, e68 (2006).Z

18、hang, L. et al. N EJM. 340, 1605-13 (1999).Patterson, B. K. et al. AIDS. 15, 1635-41 (2001).,,,Latently-infected resting CD4 T-cells harbor various viral RNAs,Incompleted transcript,Multiple-spliced RNA,Unspliced RNA,In

19、tegrated viral DNA,,vpr,RRE,LTR,,,vif,pol,,env,vpu,nef,,,,gag,,1.9-Kb (7261–9172 nt),,A (7261–7960 nt),B (7961–8351 nt),C (8291–8691 nt),D (8631–8981 nt),,F (9047–9172 nt),,LTR,E (8921–9046 nt),tat,rev,,,,,,,1.2-Kb (7961

20、–9172 nt),,,,,HIV-1 RNA genome and its 3’-UTR,3’-UTR shared by most HIV-1 RNAs,,,,,,,,pCMV,pA,eGFP,Fragments ofHIV-1 3’-UTR,,,,,,Nucleofection with AMAXA,Resting CD4 T-cells,Relative GFP MFI,,骨干數(shù)據(jù) +++,Isolation of rest

21、ing primary CD4 T-lymphocytes.,Resting CD4+ T cells,Activated CD4+ T cells,,CD25,,CD69,,,,CD25,CD69,CFSE,Resting CD4 T cells,Resting CD4 T cells+combined anti-mirs,Resting CD4 T cells+pNL4-3,Resting CD4 T cells+pNL4-3+a

22、nti-mir neg ctl,Resting CD4 T cells+pNL4-3+combined anti-mirs,Activated CD4 T cells+pNL4-3,The analysis of cell proliferation status of resting CD4 T-cells transfected with pNL4-3 and anti-microRNA inhibitors.,,MiRNA ar

23、ray analysis to compare cellular miRNAs in resting and activated CD4 T-cells.,,,,Putative binding sites for resting CD4 T-cell-enriched cellular miRNAs,B5,D3,D9,F3,,Confirm the enrichment of several cellular miRNAs in r

24、esting CD4 T-lymphocytes by “stem-loop” RT-PCR.,NL4-3 (nt 9097) 5’-AUCUG-AGCCUGGGAGCUCUC-3’ l l l l l l l l l l l l l lmir-28 3’-GAGUUAUCUGACACUCGAGGAA-5’,NL4-3 (nt 80

25、96) 5’---ACGAGGAUUGUGGAACUUCUGGGACGCAGGGG-3’ l l l l l l l l l l l l l l lmir-125b 3’-AGUGUUCAAU------------CCCAGAGUCCCU-5’

26、,NL4-3 (nt 8957) 5’-UCGAGCUUGCUACAAGGGACUUU-3’ l l l l l l l l l l l l l l l l l l l mir-382 3’--GCUUAGGUGGUGCUUGUUGAAG-5’,NL4-3 (nt 8113) 5’--UCUGGGACGCAGGGGGUGGGAA-3’

27、 l l l l l l l l l l l l l l l lmir-150 3’-GUGACCA--UGUUCCCAACCCUCU-5’,NL4-3 (nt 8720) 5’-AGGGGUCA--GAUAUCCACUGACC-3’ l l l l l l l l l

28、 l l l l l lmir-223 3’--CCCCAUAAACUGUU--UGACUGU-5’,,Interaction of cellular miRNAs and their targets in the 3’-end of HIV RNA,mir-125b,GFP,GGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGCTCTC,GFP,GGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGTCTATCT

29、C,mir-28,GFP,ACGAGGATTGTGGAACTTCTGGGACGCAGGGG,GFP,ACGAGGATTGTGGAACTTCTGGGACGACTTTT,GFP,GTGGAACTTCTGGGACGCAGGGGGTGGGAA,GFP,GTGGAACTTCTGGGACGCAGGGGGTGTTCC,mir-150,GFP,CACCAGGGCCAGGGGTCAGATATCCACTGACC,GFP,CACCAGGGCCAGGGGTCA

30、GATATCCAAGTCAA,mir-223,GFP,CTGCTGACATCGAGCTTGCTACAAGGGACTTT,GFP,CTGCTGACATCGAGCTTGCTACAAGGTCAGGG,mir-382,,,,,,,,,,,,F5mF5B13mB13B12mB12D10mD10D11mD11,,,,,,,,,,,,,Mutations in the “seed” sequences,Mutations

31、 in “seed” sequence eliminate the miRNA-mediated inhibition,骨干數(shù)據(jù) +,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Ago,Ago cleaves passenger strand,Two strands are dissociated by an RNA helicase,Ago loading,Bind to target mRNA,Remove passen

32、ger strand,miRNA,,,Antisense inhibitor(2’-O-methyl-oligonuceotides),,Translation inhibition,Effect of antisense inhibitor on the GFP expression of pGFP-1.2kb,,,,,,,,,,,,HIV-1 infectious clone,Nucleofection,A simple HIV

33、-1 latency model: Transduce HIV-1 infectious clone into the nucleus of resting CD4 T-cells with AMAXA,,,,,,,,,,,,,,,,,miRNA,,,,CD25,CD69,CFSE,Resting CD4 T cells,Resting CD4 T cells+combined anti-mirs,Resting CD4 T ce

34、lls+pNL4-3,Resting CD4 T cells+pNL4-3+anti-mir neg ctl,Resting CD4 T cells+pNL4-3+combined anti-mirs,Activated CD4 T cells+pNL4-3,The analysis of cell proliferation status of resting CD4 T-cells transfected with pNL4-3

35、and anti-microRNA inhibitors.,HIV-1 mRNA expression in the CD4 T-cells transfected with pNL4-3.,Induction of HIV-1 production from the resting CD4 T-cells transfected with pNL4-3.,,Effect of miRNA antisense inhibitors o

36、n HIV-1 production from resting CD4 T-cells transfected with pNL4-3,骨干數(shù)據(jù) ++,,,,HIV,-,1 copy numbers,5,000 500 50 5 0,-,,-,No. 1 No. 2 No. 3 SP NEG,Actin-b,Alu-PCR,,,HIV-1 latent-infection

37、in resting CD4 T-cells isolated from HIV-1 infected-individuals receiving suppressive HAART,,Combined miRNA antisense inhibitors can induce the viral production from latently-infectd resting CD4 T-cells isolated from H

38、IV-1 infected individuals on HAART,骨干數(shù)據(jù) ++,The miRNA antisense inhibitor-induced HIV-1 particles are replication-competent.,The conserved binding sites of cellular miRNAs in the 3’-end of various HIV-1 strains.,The mec

39、hanism how cellular miRNAs inhibit the translation of HIV-1 proteins and contribute to the latency of HIV-1 in resting CD4 T-cells.,Adapted from Han and Siliciano. Nature Medicine 2007. 13: 1138-40,花費(fèi)12個(gè)月時(shí)間，前后送Nature 1次，