基于cpDNA和SSR標記的槲櫟群體遺傳學研究.pdf

1、槲櫟(Quercus aliena Blume)是我國亞熱帶和溫帶森林的主要山地樹種之一，具有重要的生態(tài)和經濟價值，然而對其群體遺傳學和譜系地理學方面的研究相對缺乏。為了揭示該物種的譜系地理結構及其在進化過程中的群體動態(tài)，遺傳多樣性，遺傳結構以及與山地生境的聯系，本研究選取3個葉綠體DNA (cpDNA)片段(ycf1、rps16-trnQ、psbA-trnH)對槲櫟的52個居群共500個個體進行譜系地理學研究;以葉綠體DNA的研究結果

2、為基礎，在以上52個居群中挑選23個居群461個個體使用篩選出的10個微衛(wèi)星標記對其進行群體遺傳學方面的研究。取得的主要結果如下:
　　3個葉綠體DNA片段的聯合共發(fā)現33個單倍型，其中H3為古老單倍型，在大部分居群中均有存在。槲櫟在物種水平上有著較高的單倍型多樣性(Hd=0.897)和核苷酸多態(tài)性(π=0.00206);接著對槲櫟居群進行分子變異方差分析(AMOVA)，得到的結果表明葉綠體DNA的遺傳變異主要存在于居群間(84.

3、33％)，且遺傳分化程度較高(FST=0.8433)，沒有明顯的譜系地理結構(NST＞GST，P＞0.05)。Mantel檢驗結果也顯示其遺傳距離和地理距離沒有顯著的相關性(r=0.0353，p＞0.05)。單倍型網絡圖分析和地理分布圖得出的結果顯示橫斷山區(qū)、秦巴山區(qū)附近的居群擁有古老單倍型和特有單倍型，此外位于這些山區(qū)的居群單倍型多樣性也比較高，推測橫斷山、秦嶺和巴山是槲櫟潛在的冰期避難所。失配分析和物種分布區(qū)模擬(SDM)均顯示槲櫟

4、在進化歷史上發(fā)生過群體的擴張，且擴張發(fā)生在冰期后。末次冰期后，槲櫟可能沿著山脈分別形成了向東和向東北方向的2條擴張路線。
　　SSR標記研究結果顯示，槲櫟在物種水平上的遺傳多樣性水平較高，平均的有效等位基因數Ne為2.744，Shannon多樣性指數I為1.077，期望雜合度He是0.575，觀測雜合度Ho是0.290，總多態(tài)位點百分率PPL是95.22％，不同居群的遺傳多樣性存在差異;分子方差變異分析(AMOVA)揭示在槲櫟的居

5、群內部存在著更多的遺傳變異(82.66％)，居群間的變異則較小(17.34％);基于貝葉斯的聚類分析(STRUCTURE)將槲櫟居群分成了2組;F統計也顯示群體間遺傳分化較小(FST=0.022); Mantel檢驗揭示遺傳距離和地理距離間沒有顯著相關性(r=0.125，p＞0.05); BOTTLENECK分析顯示一些居群經歷過瓶頸效應，BARRIER檢驗可看出位于橫斷山、大別山和龍虎山附近的居群間存在基因障礙;EDENetwork分