丹參轉(zhuǎn)錄資源數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建及應(yīng)用.pdf

1、在基因測(cè)序技術(shù)支持下，各物種的基因組信息也越來越多，所以有必要整合分類測(cè)序數(shù)據(jù)，因此產(chǎn)生了繁多的基本數(shù)據(jù)庫及二級(jí)數(shù)據(jù)庫。初級(jí)數(shù)據(jù)庫只是簡(jiǎn)單地將測(cè)序所得數(shù)據(jù)歸類、整合，數(shù)據(jù)質(zhì)量參差不齊。但二級(jí)數(shù)據(jù)庫是由研究者根據(jù)自身工作需要，提取基本數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)進(jìn)行多種分析，并得到與研究目的相關(guān)的數(shù)據(jù)整合而成。所以二級(jí)數(shù)據(jù)庫中序列質(zhì)量更高、針對(duì)性也更強(qiáng)，在相關(guān)領(lǐng)域的生物信息學(xué)分析及實(shí)驗(yàn)研究中具有更為重大的意義。
　　丹參作為傳統(tǒng)中藥在治療心血管疾

2、病中有較好的效果，雖然目前有很多臨床實(shí)驗(yàn)表明其療效，但是丹參中有效成分如丹參酮、丹酚酸等合成機(jī)制，以及丹參在基因水平的對(duì)疾病的調(diào)控機(jī)制尚未清楚。因此本文結(jié)合測(cè)序技術(shù)和計(jì)算機(jī)技術(shù)來構(gòu)建一個(gè)丹參的轉(zhuǎn)錄資源數(shù)據(jù)庫，為在丹參基因組水平的研究提供便利。
　　本文的主要研究?jī)?nèi)容如下:
　　1、簡(jiǎn)述研究背景，以及植物中編碼RNA、非編碼RNA、小RNA等轉(zhuǎn)錄資源的概念和生物學(xué)功能。
　　2、詳細(xì)介紹丹參中轉(zhuǎn)錄資源:coding RN

3、A、lncRNA、miRNA以及phasiRNA的分析過程。在獲取測(cè)序所得的RNA-seq、sRNA-seq數(shù)據(jù)后，按質(zhì)量過濾分析、序列拼接、表達(dá)量計(jì)算、GO功能注釋分類等過程來進(jìn)行分析。分類整合分析結(jié)果，并歸入丹參的轉(zhuǎn)錄資源數(shù)據(jù)庫。該丹參數(shù)據(jù)庫中包含coding RNA、lncRNA、miRNA以及phasiRNA的序列信息、長(zhǎng)度信息、注釋信息等，對(duì)于已知的miRNA加入了對(duì)應(yīng)的莖環(huán)序列信息。庫中還包含了phasiRNA的PHAS基因