基于樸素貝葉斯的piRNA識(shí)別問(wèn)題研究.pdf

1、piRNA的識(shí)別是目前生物信息學(xué)領(lǐng)域研究的熱點(diǎn)問(wèn)題之一。piRNA，又稱Piwi-interacting RNA是一類重要的非編碼小RNA，其長(zhǎng)度大約是25到32個(gè)核苷酸，可以和Piwi蛋白結(jié)合形成piRNA復(fù)合物，并且與RNA沉默作有關(guān)。目前對(duì)于非編碼RNA的研究工作主要分為兩個(gè)方面，一是大規(guī)模非編碼RNA的鑒定，主要借助于計(jì)算機(jī)，從已有的非編碼RNA中提取特征信息，然后將特征信息進(jìn)行全基因組尺度的識(shí)別;二是采用基因組學(xué)和實(shí)驗(yàn)方法研究

2、非編碼RNA的功能。本文以人類、小鼠、大鼠、果蠅等模式生物作為研究對(duì)象，通過(guò)搜集現(xiàn)有經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的piRNA序列構(gòu)建訓(xùn)練集合，分別構(gòu)建了基于核苷酸組分和物理化學(xué)性質(zhì)分類的多種特征表示模型，并采用樸素貝葉斯分類器結(jié)合5輪交叉檢驗(yàn)的方法進(jìn)行預(yù)測(cè)。最后對(duì)各種模型的預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行了比較。結(jié)果表明k-mer頻率結(jié)合核苷酸分類的特征組合模型得到了較好的預(yù)測(cè)性能，總準(zhǔn)確度達(dá)到82％多，高于k-mer頻率等的特征模型。
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