Computer Simulations for Folding-Unfolding of Peptides and Large-scale Functional Motions of Proteins.pdf

1、蛋白質(zhì)折疊—去折疊和大尺度的功能運(yùn)動(dòng)是結(jié)構(gòu)生物學(xué)中兩個(gè)非常重要的研究方向.除了一系列實(shí)驗(yàn)技術(shù)(例如X射線、核磁共振等等)以外,計(jì)算機(jī)模擬對(duì)于研究這些問(wèn)題具有不可替代的作用,它能夠給出皮秒(10<'-12>秒)到微秒(10'<-6>秒)時(shí)間尺度內(nèi)蛋白質(zhì)原子水平上的動(dòng)力學(xué)信息.生物大分子的計(jì)算機(jī)模擬這個(gè)領(lǐng)域開(kāi)展時(shí)間并不算很長(zhǎng),但是已經(jīng)在研究蛋白質(zhì)折疊—去折疊和功能運(yùn)動(dòng)等方面取得了很大的成功,并且還在進(jìn)一步的發(fā)展完善之中.該文使用了兩個(gè)體系對(duì)

2、ACM方法做了檢驗(yàn).首先,我們將ACM與一種溶劑化模型generalizedBorn/surfacearea(GB/SA)相結(jié)合,較快地實(shí)現(xiàn)了S肽類(lèi)似物變性α-helix的復(fù)性;而通常的GB/SA模擬由于采樣效率的問(wèn)題未觀察到復(fù)性.另一個(gè)體系是噬菌體T4溶菌酶(T4L),我們研究了溶菌酶N端結(jié)構(gòu)域和C端結(jié)構(gòu)域之間的運(yùn)動(dòng).在水溶液中的模擬結(jié)果表明,ACM模擬在3納秒時(shí)間內(nèi),采樣效率比3納秒常規(guī)分子動(dòng)力學(xué)模擬要高,兩個(gè)結(jié)構(gòu)域之間的運(yùn)動(dòng)"放大