木通紅喀木虱線粒體基因組測定與分析.pdf

1、本文以木通紅喀木虱Cacopsylla coccinea為研究對象，進行了線粒體基因組的測定與特征分析，并構建了系統(tǒng)發(fā)育樹，旨在了解木通紅喀木虱在同翅目中系統(tǒng)進化地位。主要研究結(jié)果如下：
　　本研究成功測定了木通紅喀木虱全線粒體基因組，其全長為14,832 bp。
　　1）包括13個蛋白質(zhì)編碼基因、22個轉(zhuǎn)運RNA基因、2個核糖體RNA基因和一個AT富含區(qū)；
　　2）存在16個基因間隔區(qū)(其間隔范圍1-51 bp，全長

2、共235 bp)和基因重疊區(qū)10個(重疊范圍在1-41bp之間，全長共83 bp）；
　　3）該昆蟲線粒體全基因組、rRNA和PCGs的AT含量分別為72.04％、77.06%和70.05%，其中蛋白質(zhì)編碼基因中密碼子第3位點的AT含量高于其它2位位點，L鏈密碼子第2位位點的AT含量最高，值為79.65%；
　　4)蛋白質(zhì)編碼基因的AT-偏斜和GC-偏斜皆為負值；
　　5）蛋白質(zhì)編碼基因均以典型的ATN為起始密碼子；大

3、多數(shù)的終止密碼子為完整的TAG和TAA，也存在不完整的T；
　　6）該昆蟲線粒體基因組中氨基酸主要由6種疏水性的苯丙氨酸、甲硫氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、絲氨酸和纈氨酸組成；
　　7）tRNA最長的有72 bp，而最短的僅有54 bp，除trnS1外其余具有典型的三葉草二級結(jié)構，同時tRNA二級結(jié)構中存在缺失T-臂或D-臂，還存在接受堿基錯配；
　　以木通紅喀木虱、枸杞木虱和脈斑銀木虱三種昆蟲為材料，采用比較基因組學和生物

4、信息學為手段，分析木虱科線粒體基因組的分子組成特征。
　　結(jié)果表明：
　　1）三種昆蟲基因組大小相似；
　　2）與其它兩種昆蟲相比，木通紅喀木虱線粒體trnV基因發(fā)生重排；
　　3）脈斑銀木虱間隔區(qū)最長，而枸杞木虱重疊區(qū)為最大；
　　4）三種昆蟲AT含量基本相似，均約為70%；
　　5）三種昆蟲存在堿基不對稱，其中H-鏈和L-鏈上的第3個密碼子位點AT的含量遠高于其它位點；
　　6）三種昆蟲線粒

5、體基因組中nad5、nad6和cob基因的堿基置換率均小于1，說明它們受到負選擇作用。
　　以已測定的同翅目中27種昆蟲為材料，采用最大似然法(Maximun likelihood，ML)和貝葉斯推理法(Bayesian inference，BI)分析rRNA和PCGs兩種數(shù)據(jù)集，構建27種同翅目線粒體基因組序列系統(tǒng)發(fā)育關系。結(jié)果表明，基于PCG和rRNA的2個數(shù)據(jù)集構建的ML樹和BI樹基本一致，大體上能將同翅目中不同科的物種聚在