P-selectin-PSGL-1的拉伸分子動力學(xué)模擬.pdf

1、黏附分子間的識別黏附及其動力學(xué)特性與人體各種生理病理過程息息相關(guān)。單分子測量技術(shù)的發(fā)展極大的增加了我們對它們的了解，但是關(guān)于分子間相互作用的過程細(xì)節(jié)的闡述卻無能為力，而拉伸分子動力學(xué)(steeredmoleculardynamic,SMD)模擬卻可以清晰展示黏附分子間相互作用的過程細(xì)節(jié)，尤其是配體受體蛋白分子構(gòu)象的變化對其相互作用力的影響。 本論文主要運用SMD模擬方法，在單分子水平、納秒級時間尺度下研究P選擇子及其糖蛋白配體復(fù)

2、合物(P-selectin/PSGL-1)在外力拉伸下解離過程。我們通過在4個不同拉伸速度情況下的分子動力學(xué)模擬，分析了P-selectin/PSGL-1復(fù)合物受力解離實驗過程中的能量障礙位點和構(gòu)象等隨時間變化而變化的情況，同時揭示了在解離過程中起主要作用的氨基酸殘基，及其在受體配體相互過程中的貢獻大小，以及不同的分子間相互作用力類型在解離過程中所起到的不同的作用，并據(jù)此分析在原子力顯微鏡(AFM)實驗中P-selectin/PSGL-

3、1反應(yīng)過程出現(xiàn)逆鎖鍵這一重要生理現(xiàn)象的生物物理可能原因。實驗數(shù)據(jù)結(jié)果表明，在P-selectin/PSGL-1復(fù)合物的受力解離過程中，不同的拉伸速度對P-selectin/PSGL-1的二級結(jié)構(gòu)構(gòu)象變化影響是不同的。當(dāng)拉伸速度比較大時，受體配體的空間構(gòu)象的位阻作用對兩者的解離影響較大，當(dāng)拉伸速度比較小時，受體配體間氫鍵的相互作用對兩者的解離影響較大。通過此次研究，我們希望能夠為研究P-selectin/PSGL-1的反應(yīng)動力學(xué)過程及其隨