基于改進蟻群算法的PPI網絡聚類方法研究與應用.pdf

1、蛋白質相互作用(Protein-Protein Interaction，簡稱為PPI)網絡是生物體內的蛋白質之間的相互作用。研究PPI網絡是理解生命活動的重要途徑之一，運用數據挖掘中的聚類分析方法去研究蛋白質相互作用已經成為生物信息學的熱門領域。PPI網絡屬于復雜網絡，它具有小世界性、無尺度分布和功能模塊化等特點；另一方面，群集智能方法由于其強大的全局尋優(yōu)能力，已經在各類領域復雜問題的求解中得到越來越多的應用。在此基礎上，基于群集智能的

2、PPI網絡功能模塊檢測算法，也為相關領域的研究提供了一個新的方向。作為一種在 PPI網絡聚類分析中新興的智能優(yōu)化算法，蟻群聚類算法因其固有的簡單性、靈活性和魯棒性顯示出了巨大應用潛力。本文對基于蟻堆形成原理的蟻群算法在 PPI網絡聚類應用上進行了深入地研究，主要工作包括：
　　1、研究了 PPI網絡的特點和常見聚類方法，介紹了蟻群算法的相關模型，著重分析了基于蟻堆形成原理的蟻群算法的優(yōu)缺點；
　　2、將基于蟻堆形成原理的蟻群

3、聚類算法應用在 PPI網絡聚類上。提出一種改進的算法，分別從種子節(jié)點選取策略、拾起放下策略、引入后處理過程等方面對現有的算法進行改進。最后通過實驗及結果分析驗證了文中算法的可行性；
　　3、設計并實現了算法的應用系統(tǒng)。系統(tǒng)依托于安徽玉米大數據及信息服務平臺，實現了數據預處理、檢索服務、功能預測、網絡可視化等功能，在推廣應用過程中得到了良好的效果。
　　在安徽玉米產業(yè)技術體系的支持下，本文將基于蟻堆形成原理的改進 PPI聚類算