基于反例選擇的microRNA挖掘方法研究.pdf

1、MicroRNA(miRNA)是一類長(zhǎng)度約為22個(gè)核苷酸(nt)的非編碼RNA，研究證實(shí)這類RNA基因在生物體內(nèi)起著至關(guān)重要的作用。對(duì)miRNA基因的深入研究，有助于人們了解細(xì)胞中各基因的功能，基因間的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控關(guān)系，以及生物進(jìn)化規(guī)律。近年來，miRNA研究已成為生物信息學(xué)領(lǐng)域的熱點(diǎn)之一。本文所要研究的是目前生物信息學(xué)領(lǐng)域中有關(guān)miRNA的熱點(diǎn)問題:miRNA挖掘以及其靶基因挖掘。
　　我們發(fā)現(xiàn)，目前基于機(jī)器學(xué)習(xí)的miRNA挖掘方法

2、中對(duì)反例集（偽miRNA序列）的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率普遍還不夠高，會(huì)導(dǎo)致在大規(guī)?；蚪M進(jìn)行挖掘時(shí)產(chǎn)生大量假陽性的樣本，從而增加生物實(shí)驗(yàn)鑒別的成本。針對(duì)這一問題，本文對(duì)基于機(jī)器學(xué)習(xí)的miRNA預(yù)測(cè)算法進(jìn)行了相關(guān)研究，研究?jī)?nèi)容包括:(1)提出了新的反例集的挖掘方法，并基于此方法在人類編碼區(qū)中挖掘出了高質(zhì)量的反例集，提高了現(xiàn)有預(yù)測(cè)模型的代表性;(2)設(shè)計(jì)有效的特征提取方案，結(jié)合所提取的代表性反例集提出了新的miRNA預(yù)測(cè)算法——miRNAP。通過實(shí)驗(yàn)證