基于分步查找的高效復(fù)合模式查找算法.pdf

1、復(fù)合模式查找是生物信息學(xué)中模式發(fā)現(xiàn)問題的一個(gè)新的研究領(lǐng)域，而尋求效率更高，精度更高的復(fù)合模式查找算法將是復(fù)合模式研究領(lǐng)域的長(zhǎng)期熱點(diǎn)與目標(biāo)。本文對(duì)此進(jìn)行了深入的研究和探討。
　　 本文深入研究了當(dāng)今國(guó)際上的各種復(fù)合模式查找算法，系統(tǒng)地闡述了最具代表性的MITRA-Dyad算法和RISO算法。同時(shí)，由于本文實(shí)現(xiàn)的算法需要用到單分體模式查找算法，故對(duì)當(dāng)今流行的單分體模式查找算法進(jìn)行了簡(jiǎn)要的介紹，分析了各算法的優(yōu)缺點(diǎn)，并對(duì)本文使用到的M

2、ITRA-Count單分體模式查找算法進(jìn)行了系統(tǒng)闡述。
　　 ECOMP算法是一種使用錯(cuò)配樹數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的復(fù)合模式分步查找算法。本文針對(duì)復(fù)合模式的一種簡(jiǎn)單形式-二分體模式的特點(diǎn)進(jìn)行研究，通過對(duì)：ECOMP算法的理論分析和實(shí)驗(yàn)測(cè)試，證明ECOMP算法可以應(yīng)用于實(shí)際的復(fù)合模式查找問題。同時(shí)，由于ECOMP算法的第一部分MITRA-Count算法的設(shè)計(jì)機(jī)制，導(dǎo)致其運(yùn)行速度和空間占用方面都存在低效性的特點(diǎn)，本文將對(duì)錯(cuò)配樹的遞歸遍歷方式改進(jìn)為