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1、遼寧師范大學(xué)碩士學(xué)位論文基于GPU的分子動(dòng)力學(xué)模擬中電荷分布算法的研究姓名:張德好申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別:碩士專(zhuān)業(yè):計(jì)算機(jī)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)指導(dǎo)教師:劉青昆201204ResearchonthealgorithmofchargedistributioninmoleculardynamicssimulationsbasedonGPUAbstractBecauseofuniquehardwarearchitectureofgraphicsprocessorun
2、it(GPU),hardwareperformanceimprovementhasbeenveryrapidGPUdemonstratesstrongperformanceinintensiveoperations,SOitgetsmoreandmoreattentioninthefieldofgeneralpurposecomputingThecomputingconceptofGPUwaspresentedintheveryearl
3、y,butithasnotbeenwidelyusedsubjecttotheprogrammingcomplexityandaccuracyissuesWiththeadventoftheCPUperformancebottlenecks,aswellasmodemGPUprogrammabilityoncontinuousimprovementtheGPUintensivecomputingcoprocessorhasbeenwid
4、elyusedMajorGPUmanufacturers,NVIDIAandAMDhavelaunchedtheirownGPGPUprogrammingmodel,andcontinuetoprovideimprovementsComputeunifieddevicearchitectureisprovidedbyNVIDIAforGPU’Sparallelgeneral—purposecomputingarchitectures,a
5、ndprovidessupportingtheuseofClanguageprogrammingmodelfordevelopedandsolvesusingtheGPUdevelopmentreqmresexcessiverelianceontheshortcomingsofthegraphicsprocessingAPI,greatlyreducesthedeveloper—orientedGPUprogrammingdifficu
6、lty,andaddssupportfordoubleprecision,providesacompleteGPUgeneralcomputingsolutionsMoleculardynamicssimulationiSakindofcomputersimulationmethodwhichapplymoleculardynamicsmethodtomicrostructureandmovementofcondensedmatterf
7、ornumericalsimulationThemathematicalmodelofthemolecularsystemiSconstructedbymoleculardynamicsandimitatesthebehaviorofamolecularsystemthroughcalculationMoleculardynamicssimulationdependsonlarge—scalehighdensitycalculation
8、inmanyways,andhavestrongdemandonhi曲performancecomputingabilityCombiningCUDAwithmoleculardynamicssimulationhasextensivepracticalsignificance,makinguseoftheGPUtospeedupthechargedistributioncalculationIntheAtombondElectrone
9、gativityEqualizationMethod也eABEEM67cModelputsforwardthenewmoleculardynamicssimulationofchargedistributioncalculationmethodbasedondensityfunctionaltheoryandthenegativeequilibriumtheoryThismodelimprovestheatom—centeredfixe
10、dchargemodelandhasfullconsiderationtotheexistenceofthechemicalbondsinthemoleculestheapplicationofthemodelinthechemicalmacromoleculesandbiologicalmolecularsystemhasgoodprecisionandcausessomeattentionitseffectalsogotthegen
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