生物信息二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)分層框架模型研究.pdf

1、二十一世紀(jì)是生命科學(xué)的世紀(jì),近年來(lái)生物信息學(xué)得到了前所未有的發(fā)展.生物信息二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)是生物信息學(xué)中的一個(gè)重要研究方向,由于生物信息數(shù)據(jù)的復(fù)雜性及其分析應(yīng)用的復(fù)雜性,至今沒(méi)有一種比較通用的構(gòu)建模型能夠滿(mǎn)足一般性生物信息二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)的開(kāi)發(fā)需要.面對(duì)生物信息領(lǐng)域倡導(dǎo)的分布式計(jì)算及共享式開(kāi)發(fā)的要求,采用Web服務(wù)技術(shù)和分層的思路,給出了一個(gè)通用的生物信息二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)構(gòu)建模型WSMLFM,其主導(dǎo)思路是:對(duì)普通的三層構(gòu)架進(jìn)行了基于Web服務(wù)的擴(kuò)

2、充且各層之間相互獨(dú)立;用Web服務(wù)來(lái)包裝本地應(yīng)用及應(yīng)用背后的數(shù)據(jù)信息使其成為可共享組件;專(zhuān)門(mén)設(shè)定一個(gè)服務(wù)復(fù)合層來(lái)處理Web服務(wù)(無(wú)論來(lái)自本地或Internet)的整合,以支持更復(fù)雜的業(yè)務(wù)流程;針對(duì)異構(gòu)數(shù)據(jù)的集成和數(shù)據(jù)格式的轉(zhuǎn)換,由數(shù)據(jù)處理層提供給數(shù)據(jù)管理員和上層應(yīng)用以不同的操作視圖.數(shù)據(jù)處理層、服務(wù)層、服務(wù)復(fù)合層是WSMLFM達(dá)到通用的關(guān)鍵.數(shù)據(jù)處理層采用了一個(gè)以數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)方法為主、虛擬本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)方法為輔的基于XML的框架;對(duì)于目前相同(

3、或相近)功能的生物信息Web服務(wù)提供不同服務(wù)接口以致嚴(yán)重制約系統(tǒng)開(kāi)發(fā)水平的狀況,在傳統(tǒng)的Web服務(wù)三角色體系結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上增加一個(gè)角色——服務(wù)接口提供者(SIP)來(lái)管理服務(wù)的接口規(guī)范,并由WSDL和UDDI配合實(shí)現(xiàn)服務(wù)實(shí)現(xiàn)和接口的分離,從而建立基于統(tǒng)一接口的生物信息Web服務(wù).基于上述思想,服務(wù)層在四角色體系結(jié)構(gòu)下封裝Web服務(wù);服務(wù)復(fù)合層將Web服務(wù)與業(yè)務(wù)流程結(jié)合起來(lái),并用BPEL4WS語(yǔ)言來(lái)描述.WSMLFM的實(shí)施在國(guó)家863項(xiàng)目——