基因間語義相似度計算方法研究及應用.pdf

1、隨著生物學技術的不斷發(fā)展,特別是DNA微陣列技術的不斷成熟,產生了大量的基因表達數據,通過對表達數據的挖掘來對基因功能預測成為研究熱點。通常認為具有相似表達譜的基因往往具有相似的功能。然而大量研究發(fā)現具有相似功能的基因不一定具有相似的表達譜,相反具有不同功能的基因卻有可能具有相似的表達譜?；诖?很多其他預測基因功能的方法被提出,其中使用基因本體聯合會建立的基因本體(Gene Ontology,GO)數據庫來預測和分析基因功能已經被廣泛

2、接受。GO作為一種生物學語義詞典適用于多種物種,其對基因和蛋白質功能進行了描述與限定。通常一個基因或基因產物由一個或多個GO術語進行注解,這樣通過計算基因間的相似性來分析或預測基因功能已經成為一個重要研究方向。
　　本文分別探討了基因術語間與基因間語義相似度研究的現狀,對常用的相似度度量方法的分類與各類別中典型方法進行了介紹,對各方法的優(yōu)點及存在的不足進行了分析,其中術語法是本文研究的重點。本文的主要研究內容如下:
　　1.

3、基因術語間語義相似度研究
　　基于目前已有的基因術語間語義相似度計算方法存在的不足,引入了邊權重的概念,綜合考慮了術語所處本體層次深度及密度對術語間語義距離的影響,再結合語義密度及語義層次這兩個影響因素,本文提出了基于邊權重的基因術語間語義相似度計算方法。通過對比實驗,結果證明本文方法相比其他方法具有更高的精度。
　　2.基因間語義相似度研究
　　在基因術語間語義相似度計算方法的基礎上,引入了術語概念權重的概念,改進了