基因組瀏覽器底層數(shù)據(jù)的分析與集成.pdf

1、隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展和千人基因組計劃的推動,基因組數(shù)據(jù)已經(jīng)大量出現(xiàn),著眼于全基因組范圍的關(guān)聯(lián)研究成果正不斷被發(fā)表出來。基因組瀏覽器已成為廣泛應(yīng)用的工具之一,結(jié)合各類生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫對基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析是一個有效的方法。如何對基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行多方位的深入分析,特別是在疾病方面會對個人產(chǎn)生何種影響是重要的研究課題。針對目前大多數(shù)基因組瀏覽器在疾病藥物相關(guān)數(shù)據(jù)庫整合方面的欠缺,本文制定了五條標(biāo)準(zhǔn)篩選了疾病藥物相關(guān)數(shù)據(jù)庫,并通過一個新的文件格式

2、——GDF對這些數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)進(jìn)行融合,運用加權(quán)打分和基于信息量的方法對數(shù)據(jù)的可信度進(jìn)行評估,并對評估結(jié)果進(jìn)行比較。通過類似數(shù)據(jù)倉庫的方法將數(shù)據(jù)集成到一個B/S結(jié)構(gòu)的基因組瀏覽器中,實現(xiàn)了不同的FileReader對不同類型的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,用XML格式作為數(shù)據(jù)傳輸格式,通過對系統(tǒng)的部分性能測試發(fā)現(xiàn)其在加載本地服務(wù)器數(shù)據(jù)時耗費時間很短,具有較好的性能。
　　主要研究成果是:對現(xiàn)有基因組瀏覽器底層數(shù)據(jù)類型進(jìn)行歸納,通過加入疾病藥物相關(guān)數(shù)據(jù)