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文檔簡(jiǎn)介
1、最近的研究表明,基因和環(huán)境是引起疾病特別是惡性腫瘤的最主要的因素。在基因中,miRNA是目前最新最熱點(diǎn)的研究對(duì)象;環(huán)境因素有alcohol,tobacco,hypoxia等。疾病相關(guān)的miRNA信息大多存在于文獻(xiàn)中,為了便于研究miRNA與疾病的關(guān)系,本文建立了包含疾病相關(guān)miRNA,環(huán)境因子以及疾病的數(shù)據(jù)庫(kù)miREN。
本文所作的工作主要是以下幾點(diǎn):
第一,收集并閱讀有關(guān)文獻(xiàn)資料,手動(dòng)整理文獻(xiàn)中miRNA,環(huán)境因子
2、以及疾病信息。針對(duì)大多數(shù)數(shù)據(jù)存在于文字描述中以及文獻(xiàn)中提供的數(shù)據(jù)冗余度較大且數(shù)據(jù)的格式也不統(tǒng)一的問(wèn)題,對(duì)所整理的信息進(jìn)行詞匯校對(duì),術(shù)語(yǔ)統(tǒng)一以及歸一化等預(yù)處理工作。
第二,構(gòu)建miREN(miRNA and Environment Database)在線數(shù)據(jù)庫(kù)查詢及更新程序。對(duì)miREN數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了需求調(diào)研分析,概要設(shè)計(jì)以及詳細(xì)設(shè)計(jì)。在以上工作的基礎(chǔ)上進(jìn)行編碼和測(cè)試。測(cè)試結(jié)果表明miREN數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)對(duì)數(shù)據(jù)的查詢是完整的準(zhǔn)確的高效
3、的。該數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建,可以為相關(guān)研究領(lǐng)域的研究者提供一個(gè)全面、方便的miRNA,環(huán)境以及疾病信息資源。
第三,從miREN數(shù)據(jù)庫(kù)中選取乳腺癌作為主要研究對(duì)象,對(duì)乳腺癌進(jìn)行是否病發(fā)的預(yù)測(cè)??紤]到支持向量機(jī)具有小樣本,稀疏性以及非線性擬合能力強(qiáng)等方面的優(yōu)勢(shì),本文將SVM引入到乳腺癌的發(fā)病預(yù)測(cè)之中,并利用遺傳算法對(duì)SVM的參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化,通過(guò)仿真實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)改進(jìn)后的SVM模型在乳腺癌發(fā)病預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率上提高了4.6154%。
第四,驗(yàn)
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