基于BLAST算法的序列分析軟件開(kāi)發(fā).pdf

1、生物信息學(xué)（Bioinformatics）發(fā)展至今，工作重心已經(jīng)從數(shù)據(jù)的積累轉(zhuǎn)移到數(shù)據(jù)的分析上，特別是應(yīng)用于序列分析的軟件開(kāi)發(fā)已經(jīng)成為一大熱點(diǎn)。隨著大量生物信息學(xué)軟件的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用，生物學(xué)研究的效率得到了很大的提高。 生物信息學(xué)最基本的任務(wù)是序列分析，目前市面上流行的分析工具各有特色，運(yùn)行會(huì)因不同的分析軟件而得到不同的結(jié)果，特別是序列比對(duì)所使用的算法參數(shù)在很大程度上直接影響分析結(jié)果。有時(shí)會(huì)由于采用了不合適的參數(shù)而丟失一些隱藏重要統(tǒng)

2、計(jì)學(xué)意義的重要信息，導(dǎo)致時(shí)間和精力的浪費(fèi)。因此，序列比對(duì)算法的選擇很重要。 在研究了生物信息學(xué)的基礎(chǔ)知識(shí)、序列比對(duì)的算法、國(guó)內(nèi)生物信息學(xué)軟件軟件的發(fā)展現(xiàn)狀的前提下，本文在前人研究的基礎(chǔ)上，采用JAVA語(yǔ)言設(shè)計(jì)開(kāi)發(fā)了一個(gè)專用于序列分析的生物信息學(xué)軟件，本軟件具有BLAST雙序列比對(duì)、氨基酸查找、序列統(tǒng)計(jì)、提取序列信息、文件格式轉(zhuǎn)換等主要功能，旨在為研究人員提供一個(gè)簡(jiǎn)便、快捷的分析窗口，方便用戶進(jìn)行序列比對(duì)，序列文件分析等操作。開(kāi)發(fā)

3、出來(lái)的軟件能實(shí)現(xiàn)序列文件的相關(guān)分析，能從大量的序列信息中獲取基因結(jié)構(gòu)、功能和進(jìn)化等知識(shí)，是一個(gè)界面友好、操作簡(jiǎn)單、計(jì)算正確的實(shí)用軟件。 程序開(kāi)發(fā)之前搭建一個(gè)良好的JAVA環(huán)境，包括JDK工具集的安裝和環(huán)境變量設(shè)置以及開(kāi)發(fā)平臺(tái)MyEclipse 6.5的安裝設(shè)置等。軟件設(shè)計(jì)過(guò)程中，圍繞BLAST比對(duì)功能，逐個(gè)實(shí)現(xiàn)各模塊的功能，所有代碼均反復(fù)單獨(dú)調(diào)試和修改Bugs；同時(shí)，還注意了不同模塊之間的銜接性。軟件完成后，封裝成jar包，同樣