基于SNP標(biāo)記的QTL組合定位方法研究.pdf

1、在動(dòng)植物相關(guān)研究中，絕大部分與品質(zhì)及經(jīng)濟(jì)效應(yīng)相關(guān)的性狀都是數(shù)量性狀，因而對(duì)數(shù)量性狀的遺傳機(jī)理進(jìn)行學(xué)習(xí)研究，并運(yùn)用到實(shí)際的生產(chǎn)實(shí)踐中，將對(duì)動(dòng)植物育種等農(nóng)牧業(yè)生產(chǎn)活動(dòng)產(chǎn)生十分重要的意義。
　　數(shù)量性狀基因座定位即QTL(quantitative trait locus)定位，是通過(guò)存在于染色體上的遺傳標(biāo)記和觀測(cè)得到的數(shù)量性狀表型值信息，對(duì)影響數(shù)量性狀表型變異的基因進(jìn)行研究，推測(cè)這些基因在染色體上的位置、對(duì)所研究性狀的影響。QTL定位研

2、究已經(jīng)在動(dòng)植物育種、復(fù)雜性狀的遺傳分析、遺傳疾病的治療及預(yù)防等等領(lǐng)域廣泛應(yīng)用。
　　QTL定位的實(shí)質(zhì)是通過(guò)利用標(biāo)記和QTL之間的連鎖關(guān)系，將QTL定位到染色體上的標(biāo)記附近，從而完成 QTL的定位工作。如何選擇合適的標(biāo)記和合理高效的方法，準(zhǔn)確找到與所研究性狀關(guān)聯(lián)顯著的標(biāo)記，較為精確地推測(cè)QTL在染色體上的位置在QTL定位研究中十分重要。
　　為了取得更好的QTL定位效果，本文提出了利用全基因組上的遺傳標(biāo)記即SNP標(biāo)記，通過(guò)組合

3、方法進(jìn)行QTL定位分析。主要研究?jī)?nèi)容如下：
　　（1）SNP標(biāo)記在基因組中分布密度高，穩(wěn)定性好，易于篩選并且富有代表性，包含大量遺傳信息，因此，本文選擇整個(gè)基因組上的SNP標(biāo)記進(jìn)行分析，為QTL定位提供豐富的遺傳信息。
　?。?）傳統(tǒng)的關(guān)聯(lián)分析雖然能夠得到大量與所研究數(shù)量性狀存在較強(qiáng)關(guān)聯(lián)的遺傳標(biāo)記，但是存在較高的假陽(yáng)性，在標(biāo)記數(shù)目比較龐大時(shí)難以篩選出真正與QTL連鎖的標(biāo)記。emBayesB方法有效地利用了EM算法處理缺失數(shù)據(jù)

4、的特點(diǎn)，結(jié)合BayesB方法，通過(guò)計(jì)算SNP標(biāo)記與QTL存在連鎖關(guān)系的后驗(yàn)概率，準(zhǔn)確的篩選出關(guān)聯(lián)性較強(qiáng)的標(biāo)記，在處理大數(shù)據(jù)量時(shí)具有明顯的優(yōu)勢(shì)。
　?。?）在得到與性狀存在較強(qiáng)關(guān)聯(lián)的顯著性SNP標(biāo)記之后，固定區(qū)間判定和LD區(qū)間判定都只是在染色體上得到了一個(gè)包含 QTL的大致區(qū)間，不能精確的計(jì)算出QTL的具體位置，組合方法中希望通過(guò)性狀-標(biāo)記區(qū)間檢測(cè)計(jì)算出較為精確的QTL的位置。同時(shí)考慮染色體上其他標(biāo)記的背景遺傳信息對(duì)QTL定位的影響