BioEngine：生物大型綜合數(shù)據(jù)庫(kù)搜索引擎的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、LSBI是上海生物信息技術(shù)研究中心在國(guó)家和上海市科教委的支持下開(kāi)發(fā)的大型綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，目前已包括普通核酸數(shù)據(jù)庫(kù)，物種分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)，引物數(shù)據(jù)庫(kù)等十余個(gè)主題數(shù)據(jù)庫(kù)，并能夠提供BLAST，MapViewer,SEPPA等在線服務(wù)。面對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的海量數(shù)據(jù)，如何提供快速的數(shù)據(jù)檢索服務(wù)已是LSBI在開(kāi)發(fā)中面臨的首要問(wèn)題。
　　 通過(guò)結(jié)合美國(guó)NCBI的Entrez檢索系統(tǒng)，歐洲EMBL-EBI的Eb-eye等國(guó)際上著名生物數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索系統(tǒng)的開(kāi)發(fā)經(jīng)

2、驗(yàn)。開(kāi)發(fā)了應(yīng)用于LSBI的大型綜合生物數(shù)據(jù)庫(kù)搜索引擎--BioEngine。BioEngine可以為L(zhǎng)SBI的所有子數(shù)據(jù)庫(kù)提供檢索服務(wù)，并且能夠同物種分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)中的物種信息將各子數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)合起來(lái)進(jìn)行通過(guò)物種名的跨庫(kù)檢索。作為初步的嘗試，BioEngine本質(zhì)上是一個(gè)SQL生成器，通過(guò)內(nèi)置的程序邏輯，在一定程度上能夠理解數(shù)據(jù)庫(kù)中生物數(shù)據(jù)的意義及各數(shù)據(jù)間的相互關(guān)系，通過(guò)解析用戶(hù)輸入的檢索式并進(jìn)行整理，生成合理的SQL語(yǔ)句提供給后臺(tái)的ORACL

3、E數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索。目前LSBI及BioEngine已經(jīng)在實(shí)際應(yīng)用中平穩(wěn)運(yùn)行(http://lifecenter.sgst.cn)。
　　 為了適應(yīng)LSBI的不斷發(fā)展和對(duì)現(xiàn)有子數(shù)據(jù)檢索要求的不斷完善，BioEngine的設(shè)計(jì)具有良好的可擴(kuò)展性，它不需要進(jìn)行核心代碼的修改而是簡(jiǎn)單的通過(guò)配置和修改XML文件就可以提供對(duì)一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索服務(wù)。這樣大大減輕了系統(tǒng)開(kāi)發(fā)人員的工作負(fù)擔(dān)，提高了BioEngine的靈活性。