化學(xué)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建與相似性算法研究.pdf

1、隨著計(jì)算機(jī)技術(shù)的發(fā)展與化學(xué)數(shù)據(jù)的劇增，化學(xué)信息學(xué)應(yīng)運(yùn)而生?；瘜W(xué)信息學(xué)是通過(guò)信息學(xué)的方法，利用計(jì)算機(jī)為工具來(lái)解決化學(xué)問(wèn)題，獲取化學(xué)本質(zhì)規(guī)律的學(xué)科。化學(xué)信息學(xué)研究的一個(gè)重要方向是分子數(shù)據(jù)庫(kù)與分子相似性搜索算法，這些研究目前已經(jīng)廣泛應(yīng)用于計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)、化學(xué)數(shù)據(jù)挖掘等領(lǐng)域。 本論文的研究包括藥物小分子數(shù)據(jù)庫(kù)的建立與整理，蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)的整理，有機(jī)小分子和蛋白質(zhì)高分子相似性算法的研究以及一些相關(guān)的計(jì)算機(jī)技術(shù)在藥物設(shè)計(jì)中的應(yīng)用。本論文的

2、研究工作分為四個(gè)部分，其內(nèi)容如下： 第一部分對(duì)研究過(guò)程中所需要用到的數(shù)據(jù)進(jìn)行收集與整理，包括藥物分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建和多個(gè)化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的開(kāi)發(fā)與整理，并通過(guò)對(duì)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行篩選與整理得到了應(yīng)用于研究工作的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)PDBData。 第二部分對(duì)常用的有機(jī)小分子相似性算法進(jìn)行了介紹，并提出了基于重原子環(huán)境的分子相似性算法和基于能量譜的分子相似性算法，利用這些算法對(duì)小分子數(shù)據(jù)庫(kù)和分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行了篩選與分析。 第三部分對(duì)常