RiceDB：基于Web界面的水稻基因芯片注釋整合數(shù)據(jù)庫.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、基因芯片分析能在基因組水平上檢測基因表達(dá)譜?；蛐酒治霎a(chǎn)生的大規(guī)模數(shù)據(jù)對了解植物分子生理機(jī)制提供了幫助。目前技術(shù)最為可靠，應(yīng)用最為廣泛的芯片平臺(tái)是水稻Affymetrix57K全基因組表達(dá)譜芯片。我們已經(jīng)開發(fā)了RiceDB一個(gè)基于Web界面的在生物學(xué)背景下注釋水稻基因芯片的整合數(shù)據(jù)庫，它的注釋信息比同類針對水稻Affymetrix57K全基因組表達(dá)譜芯片的注釋數(shù)據(jù)庫更全面，更快捷，且可以自動(dòng)更新。它由八個(gè)功能模塊組成，RiceMap建

2、立水稻Affymetrix57K探針組與基因的對應(yīng)關(guān)系，從而提供來自各個(gè)水稻生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫功能描述信息；RiceGO整合GeneOntology數(shù)據(jù)庫從分子功能，生物學(xué)途徑和分子功能三個(gè)方向上來對Affymetrix57K探針組進(jìn)行注釋；RiceKO確定Affymetrix57K探針組代表的基因可能參與的代謝路徑與調(diào)控；RiceUP、RiceDO、RiceMR、RiceCD、RiceGF分別確定Affymetrix57K探針組代表的基

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