受磷蛋白的空間結(jié)構(gòu)及其分子動(dòng)力學(xué)模擬.pdf

1、肌漿網(wǎng)鈣泵是將鈣離子從細(xì)胞質(zhì)內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)到肌漿網(wǎng)內(nèi)的重要跨膜蛋白，它的活性受到與之相互作用的受磷蛋白的調(diào)控。受磷蛋白存在磷酸化和非磷酸化兩種可逆狀態(tài)，非磷酸化時(shí)會(huì)抑制鈣泵的活性，磷酸化時(shí)會(huì)減小這種抑制作用。受磷蛋白的在生物體中的空間結(jié)構(gòu)一直是一個(gè)受關(guān)注的焦點(diǎn)。本文通過(guò)總結(jié)受磷蛋白空間結(jié)構(gòu)的研究進(jìn)展，利用分子動(dòng)力學(xué)模擬的方法，對(duì)其空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行了系統(tǒng)的模擬和研究。 我們將核磁共振所得到的風(fēng)鈴草結(jié)構(gòu)單鏈的前22個(gè)殘基取出，并且分別保持原始結(jié)

2、構(gòu)，而對(duì)第16位和第17位分別進(jìn)行磷酸化，第9位進(jìn)行單點(diǎn)突變，得到四個(gè)不同的肽段，然后使用AMBER模擬軟件將肽段分別置于不同的溶劑和離子濃度條件下，得到八個(gè)不同的模擬體系。分別依次進(jìn)行能量最小化、升溫、平衡，和10納秒的模擬過(guò)程。另外還對(duì)單鏈和五聚體在水環(huán)境中進(jìn)行了10納秒的模擬。 分析軌跡發(fā)現(xiàn)：原始結(jié)構(gòu)的肽段可以很好的保持螺旋結(jié)構(gòu)；兩個(gè)位點(diǎn)的磷酸化均會(huì)使肽段的結(jié)構(gòu)區(qū)域無(wú)序化；第9位的單點(diǎn)突變會(huì)在此處形成一個(gè)彎折；在高離子濃度