λ噬菌體生活周期的形式化建模與分析.pdf

1、隨著計(jì)算機(jī)科學(xué)的發(fā)展，它與其他學(xué)科交叉產(chǎn)生很多了新的研究領(lǐng)域，其中與系統(tǒng)生物學(xué)的結(jié)合就是一個(gè)重要的研究方向。這主要包括兩方面的內(nèi)容：其一是計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)科學(xué)，例如進(jìn)程代數(shù)的發(fā)展延伸至生物學(xué)中，產(chǎn)生了適合某些生物子領(lǐng)域中的模型，從而可以對(duì)生物過(guò)程進(jìn)行建模和推理，并通過(guò)對(duì)生物過(guò)程的表述分析該種演算的特點(diǎn)，如κ-演算、Brane演算、BioAmbient等；其二是將從生物系統(tǒng)中的各種結(jié)構(gòu)和功能中抽象出計(jì)算模型，應(yīng)用到計(jì)算機(jī)科學(xué)中，如膜計(jì)算(Mem

2、brane Computing)等。 本文正是在這兩個(gè)方向的基礎(chǔ)上，使用兩種生物進(jìn)程演算(κ-演算和Brane演算)，以及一種從生物細(xì)胞的結(jié)構(gòu)和功能中抽象出來(lái)的計(jì)算模型(P系統(tǒng))對(duì)λ噬菌體侵蝕大腸桿菌細(xì)胞的特定生物過(guò)程進(jìn)行建模，并分析各個(gè)模型的特點(diǎn)，從多個(gè)角度進(jìn)行比較。在建模的過(guò)程中，針對(duì)各個(gè)方法的特點(diǎn)，也適當(dāng)?shù)貙?duì)演算做了一些改變：如在κ-演算中引入虛擬位點(diǎn)，在Brane演算中，基于原有的操作構(gòu)建宏操作以及添加一些額外操作等。