玉米苗期耐漬QTL的遺傳定位.pdf

1、玉米是全世界最重要的糧食作物之一。澇漬是熱帶、亞熱帶地區(qū)玉米生產(chǎn)的主要逆境脅迫之一，也是我國南方地區(qū)影響玉米最終產(chǎn)量的主要逆境因子之一。本研究旨在采用關聯(lián)分析和連鎖定位策略，針對玉米耐漬性的不同表型，利用96份自交系的關聯(lián)分析群體進行候選基因關聯(lián)分析，利用144份自交系的關聯(lián)群體進行玉米45868個SNP的全基因組關聯(lián)研究(GWAS)。同時，還利用BC2F2∶3分離群體對顯著關聯(lián)位點進行連鎖作圖驗證。取得了以下主要結(jié)果:
　　

2、1、利用EcoTILLING技術在96份自交系群體中，開展了候選基因zmbRLZ和Hemoglobin內(nèi)SNP與耐漬性的關聯(lián)分析。研究發(fā)現(xiàn):候選基因zmbRLZ區(qū)段有33個SNP，多數(shù)位點的最小等位基因頻率(MAF＜5％)。測序鑒定10個SNP位點MAF大于5％，LD分析顯示，部分位點之間有顯著相關，其中5個SNP可以代表大部分的遺傳多樣性信息。關聯(lián)分析的結(jié)果顯示，有1個位點與耐漬響應性狀的關聯(lián)達到顯著(P＜0.005)。另有2個位點與

3、耐漬響應性狀的關聯(lián)達到顯著(P＜0.05)。
　　 2、利用全基因組關聯(lián)分析在144份自交系群體里鑒定了2個SNP位點(PUT-163a-93013517-4810、bin9.07，PZE-105105668、bin5.04)分別與正常水分下的RFW（根鮮重）和漬水處理下的SFW（莖鮮重）顯著關聯(lián)(p＜2.18×10-6)。在825624次（45868位點×9性狀×2環(huán)境）可能關聯(lián)中，檢測到27次SNP與性狀的顯著關聯(lián)(p＜2.

4、18×10-5)，涉及到5個SNP位點;檢測到141次SNP與性狀的顯著關聯(lián)(p＜2.18×10-4)，涉及53個SNP位點。
　　 3、對性狀的耐漬系數(shù)、死葉指數(shù)等次級綜合性狀的GWAS分析結(jié)果顯示，3個位于第一染色體上的SNP位點與多個性狀的耐漬系數(shù)顯著關聯(lián)(p＜2.18×10-5);但死葉指數(shù)沒有檢測到關聯(lián)位點。以10kb作為一個單倍型分析的窗口進行基因型分析，在兩種模型下同時檢測到N4590位點(bin6.05)與死葉指