pubmed使用指南課件

1、醫(yī)學文獻資源檢索與利用,PubMed數(shù)據庫檢索,中山大學醫(yī)學文獻檢索教研室朱偉麗 zhuweili@mail.sysu.edu.cn020-87330445 2011年5月,Outline,數(shù)據庫概況數(shù)據庫檢索檢索結果處理ＭyNCBI,1、PubMed------概況,紙質版（Ind

2、ex Medicus,IM美國醫(yī)學索引）-----光盤版（MEDLARS on Line ,MEDLINE）------網絡版(PubMed)，收錄時間范圍：1947-，部分期刊回溯至創(chuàng)刊年。數(shù)據每日更新(Tuesday – Saturday)世界上權威性的生物醫(yī)學書目型數(shù)據庫，收錄全世界范圍內70多個國家和地區(qū)近5000種生物醫(yī)學相關期刊論文，主要收錄英語語種期刊，少部分其他語種期刊。- 學科范圍涵蓋基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、護理

3、學、口腔醫(yī)學、獸醫(yī)學、營養(yǎng)衛(wèi)生、藥理和藥劑學、預防醫(yī)學、衛(wèi)生管理、醫(yī)療保健和情報科學領域，2000年起新增生物、環(huán)境科學、海洋生物、植物和動物學、生物物理學和生物化學等生命科學領域- 全球免費使用，部分文獻免費獲取全文- 集成在NCBI平臺，訪問網址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed),,,,,,,1 PubMed------概況,記錄組成- OldMEDLINE[PubMed -

4、OLDMEDLINE ] ：1947-1965年間的MEDLINE數(shù)據，正在做回溯加工，補充主題詞及部分全文鏈接- MEDLINE[PubMed-indexed for MEDLINE]：標引了主題詞被MEDLINE正式收錄的文獻數(shù)據。- PreMEDLINE [PubMed-in process]：已被MEDLINE錄用，正處于加工標引狀態(tài)的文獻數(shù)據。- [Epub ahead of print ][PubMed-as supp

5、lied by publisher]：由出版商提供的紙質版尚未正式出版的文獻，大部分最終會轉入PubMed-in process，再正式轉入MEDLINE，部分不在MEDLINE收錄學科范圍內的數(shù)據，最終會轉化為PubMed-as supplied by publisher/PubMed 狀態(tài)。- Publisher-Supplied [PubMed-as supplied by publisher/PubMed]：由出版商提供但因其

6、學科不在MEDLINE收錄學科范圍內，而最終未進入MEDLINE但保留在PubMed中的文獻數(shù)據。,OLDMEDLINE,MEDLINE,PreMEDLINE,[Epub ahead of print ]supplied by publisher,PubMed/supplied by publisher,未入選數(shù)據,,PubMed,標引主題詞,入選數(shù)據,PubMED形成示意圖,,檢索區(qū),,,,,2PubMed------檢索,- 基

7、本檢索- Limit限定檢索- MeSH詞檢索（主題檢索）- 檢索史組配檢索- Clinical Queries（臨床咨詢模塊）- Single Citation Matcher（單篇引文匹配）,①PubMed基本檢索,- 支持布爾邏輯運算 AND, OR, NOT支持截詞檢索*支持字段檢索：如liver cancer[ti]- 支持短語檢索 “ ”自動詞語匹配(字段限定、詞組、截詞檢索時該功能失效),

8、案例1(自動詞語匹配）,請利用PubMed檢索有關結腸造口術后患者的護理的相關文獻。 檢索詞： 結腸造口術---------colostomy 護理-------nursing,colostomy nursing,,,,自動詞語匹配:,,PubMed對檢索用戶輸入的檢索詞,如果不限定檢索字段,系統(tǒng)依次到MeSH轉換表、刊名轉換表、作者全名轉換表、作者索引表、合作者全名轉換表、合作者轉換表進行詞語的核對、轉換和檢

9、索，如果在上述六個表中都找不到匹配的短語，系統(tǒng)將短語拆開，繼續(xù)到這六個表中搜索，短語斷開部分為AND關系。如果拆到的單詞在上述五個表中還是找不到匹配詞，將到所有字段中去搜索這些單詞，單詞之間的邏輯關系也是AND 。,案例2（截詞檢索）,,,請利用PubMed檢索有關肝移植患者術后生活質量的相關文獻。 檢索詞： 肝移植---------liver transplant* 生活質量-------quality of

10、life,liver transplant* quality of life,,,,案例3（精確檢索）,利用PubMed檢索有關胎兒染色體異常的產前診斷研究。 產前診斷： Prenatal Diagnosis 胎兒染色體異常：Fetal Chromosomal Abnormalities,“Prenatal Diagnosis” “Fetal Chromosomal Abnormalities”,,案例4（字段檢索）,檢索cel

11、l雜志上發(fā)表的有關干細胞移植方面的文獻檢索詞：stem cell transplant* cell[ta]常用字段：ti(題名）、 tiab（題名或摘要）、 au（作者）、 1au(第一作者）、lastau(最后一位作者）、ta（刊名）、ad(地址）、all（所有字段）、majr(主要主題詞）、mh（主題詞)……,,,②PubMed限定檢索,功能：a 字段限定 b 時間限定

12、 c 文獻類型限定 d 語種限定 e 年齡性別限定 f 全文獲取限定 g 檢索子集限定 ……,案例1 作者與文獻語種限定,檢索2002年以來PubMed收錄的葛堅教授發(fā)表的青光眼的中文文獻。檢索詞： 作者：ge jian[2002年以后的作者檢索可以用全稱] 主題概念：glau

13、coma Limits：2002-2010 出版年限 Chinese 語種限定,作者檢索tips,作者輸入格式:姓前名后,姓用全稱,名字用首字母,姓與名之間不加標點符號。如Michael R, Nash --------- Nash MR自動轉換作者名檢索:輸入Smith j[au] 將檢索出Smith ja,Smith jb,Smith jr等作者精確檢索:“ ”將作者名引起來,再加[au

14、] 如輸入“smith j”[au]則僅檢索出姓為Smith,名首字母為j的作者的文獻.,ge jian glaucoma,,,,,,案例2 文獻時間與類型限定,利用PubMed檢索近十年來干擾素β治療多發(fā)性硬化癥的綜述文獻 干擾素β——interferon beta 多發(fā)性硬化癥——multiple sclerosis 限定：last 10 years Review,

15、,,,檢索肝移植患者術后生活質量的研究，要求檢索詞出現(xiàn)在篇名中，檢索結果可以獲取全文。 檢索詞：liver transplantation、quality of life 檢索字段： 篇名 限定：link to full text,案例3 全文獲取限定,Liver transplantation quality of life,,,,案例4 文獻子集限定,護理類雜志上發(fā)表的有關循證護理研究的文獻 檢索詞：evid

16、ence based nursing 檢索字段： MeSH 限定：subset-----nursing journals,③PubMed-----主題詞檢索,,PubMed依據MeSH詞表（醫(yī)學主題詞表）對所收錄數(shù)據進行主題標引利用主題詞檢索可以提高文獻檢索效率MeSH網絡版本集成在PubMed數(shù)據庫中,案例,檢索有關結腸造口 (colostomy)患者的護理（nursing)的文獻,colostomy,主題詞注釋,可組配的

17、副主題詞,主題詞加權與擴展,入口詞,主題詞樹,,,,,主要主題詞限定檢索(加權檢索),,,,檢索近十年以來PubMed收錄的甘精胰島素治療2型糖尿病的臨床研究文獻。 檢索詞： 甘精胰島素： insulin glargine 2型糖尿病：type 2 diabetes mellitus,④PubMed-----檢索史組配檢索,同義詞,如2型糖尿病non insulin dependent diabetes m

18、ellitusNIDDMType 2 Diabetes （Mellitus ）Adult-Onset Diabetes Mellitus Maturity-Onset Diabetes Mellitus Stable Diabetes Mellitus Slow-Onset Diabetes Mellitus Ketosis resistant diabetes,,,,,⑤. PubMed------Clinical Qu

19、eries,為幫助臨床醫(yī)生更有效地獲取PubMed數(shù)據庫中一般疾病的病因學、預后、診斷、治療及預防等方面的信息，PubMed設置了Clinical Queries功能 。該功能具備特殊的過濾器裝置能將上述主題文獻集中提供檢索。,⑥. PubMed------Single Citation Matcher,功能:輸入題錄信息，查找特定文獻，參考文獻補缺。注意:刊名要準確，縮寫要標準作者字段第一作者與最后一名作者需用簡寫Exampl

20、e:查找： smithies oliver 發(fā)表在blood第12期上關Hematopoietic stem cells的文獻的篇名、其他作者、頁碼等信息。,,,,,3 PubMed------檢索結果處理,檢索結果顯示檢索輸出、保存全文鏈接：Linkout,Summary：默認格式，包括作者、篇名、出處、相關文獻鏈接Summary (text)：summary的文本形式Abstract：篇名、作者、摘要、出處、主題詞、全文鏈

21、接標記等Abstract（text）： 篇名，作者，摘要，出處MEDLINE：所有記錄字段XML格式、PMID list可通過Display下拉菜單選擇其它顯示方式,七種檢索結果顯示格式,①檢索結果顯示,,,②檢索結果輸出、保存,,剪貼板:Clipboard(臨時保存）,,,,,注意:Clipboard(剪貼板)最多只能保存500條最多可以保存8小時長期保存,應存到myNCBI的collection中,③全文鏈接----

22、LinkOut,,4、 PubMed------MyNCBI,永久保存檢索結果保存檢索策略，追課題發(fā)展個性化設置,①永久保存檢索結果,,注冊登錄,,,,,檢索數(shù)據庫,PubMed最近的操作,保存的文獻,,保存的檢索策略,,,,保存在collectionDM中的全部記錄,②保存檢索策略,,,為檢索策略命名,,選擇郵件發(fā)送頻率、文獻格式及接收文獻最大數(shù)目,編輯保存的策略,點擊執(zhí)行檢索,重新執(zhí)行已保存的策略,,修改已保存的策略,③個性