primerpremier中文使用說明

1、PrimerPremier4.10PrimerPremier4.0是由加拿大的Premier公司開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測序引物以及雜交探針的設(shè)計，評估的軟件，和PlasPremier2.02一起是該公司推出的最新的軟件產(chǎn)品。其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（Geank），引物設(shè)計窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和紋基分析窗口（Motif）。這里我們主要介紹其引物設(shè)計功能，其他功能的介紹

2、請參看PlasPremier2.02。打開程序首先進入的是序列編輯參看，與PlasPremier相比，其多了一個語音校正的功能，即在輸入序列的時候，程序自動將堿基讀出，以便用戶進行校正，保證輸入的正確和快速。點擊該界面的按鈕即可進入到程序的引物設(shè)計窗口。該界面共分為四層，最上面一層左面是5個控制按鈕，用于實現(xiàn)引物設(shè)計中的各種功能，包括引物自動尋找，尋找結(jié)果查看和引物編輯；右邊是觀察兩個引物在模板上結(jié)合位置的直觀圖以及對正鏈還是負鏈引物進

3、行選擇；第二層是顯示模板和引物序列及二者間的配對情況的顯示；第三層是顯示兩個引物的各種參數(shù)，包括給引物的打分，引物以及產(chǎn)物的起始位置、長度、Tm值、GC％消光系數(shù)、簡并性；最后一層是給出的有關(guān)于引物的二聚體結(jié)構(gòu)、發(fā)卡結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性，重復序列，二聚體發(fā)卡結(jié)構(gòu)和與模板及可能的雜質(zhì)DNA（需要從另外的序列文件中讀入）之間的錯配情況，這些參數(shù)的設(shè)定可以根據(jù)要求變化，程序本身根據(jù)一定的標準分成從極高嚴謹性到極低嚴謹性5個檔次。該程序?qū)σ锏淖詣铀阉?/p>

4、過程是采用的排除法，根據(jù)用戶設(shè)定的引物范圍和產(chǎn)物長度所規(guī)定區(qū)域內(nèi)，所有的符合設(shè)定的引物長度的寡核苷酸都被視為可能的引物，然后根據(jù)以上各個參數(shù)逐步去除不符合條件的寡核苷酸，經(jīng)過這種層層剔除的篩選，最終找到符合用戶所設(shè)定標準的引物，如果找不到合適的引物可以逐步降低要求來進行進一步搜尋。搜尋到引物結(jié)果最終顯示在下面的窗口中：在結(jié)果窗口中給出了程序給該對引物的打分（rating）和上下游引物的起始位置和長度以及產(chǎn)物的長度。通過直接點擊各對引物在