蛋白質(zhì)序列的圖形化表示及其應用的研究.pdf

1、蛋白質(zhì)作為生命的物質(zhì)基礎(chǔ)，在生命科學的研究上占有非常重要的地位。對于蛋白質(zhì)的研究而言，主要的研究內(nèi)容包括對其結(jié)構(gòu)、功能等方面的研究。通常認為，分子的結(jié)構(gòu)決定分子的功能，同時對于蛋白質(zhì)這種生物大分子來說，其低級結(jié)構(gòu)決定了其高級結(jié)構(gòu)，因此，分析蛋白質(zhì)序列可以幫助進行蛋白質(zhì)的高級結(jié)構(gòu)和功能等方面的的研究。蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)的比較是進行蛋白質(zhì)序列分析的主要途徑之一。傳統(tǒng)的基于序列比對的序列比較的方法，由于其本身存在局限性使得對蛋白質(zhì)序列的比較與存儲

2、存在時空復雜度較大，不具有可視性等缺陷。這就催生了一些非比對的序列比較技術(shù)。圖形化表示方法作為一種非比對的序列比較方法，由于能克服或弱化這些問題而得到了大家的重視。
　　本文首先提出了三種圖形化表示蛋白質(zhì)序列的方法，分別為基于蛋白質(zhì)序列的特征模式的蛋白質(zhì)序列圖形化，基于遞歸圖的蛋白質(zhì)序列圖形化以及基于ADLD圖的蛋白質(zhì)序列對圖形化表示。這三種圖形化表示方法獲得的圖形都是2-D圖形，具有很好的可視性。其中，基于蛋白質(zhì)序列的特征模式的

3、方法比較簡單，并且圖僅由固定的點組成，因此時空復雜度較好。同時，基于遞歸圖的圖形化表示方法，由于這種非線性分析技術(shù)比較成熟，因此，其應用具有很好的理論基礎(chǔ)。另外，ADLD圖的優(yōu)勢在于其能反應兩條序列的內(nèi)在組成的差異，且分析的結(jié)果較準確。其次，介紹了基于序列圖形化表示的應用，即分析序列的相似性和進行物種的進化樹的構(gòu)建。通常，可通過計算不同的曲線之間的距離或提取曲線中的一些特征量再計算它們之間的差值來度量序列間的差別。另外，基于通過所獲得的