蛋白質(zhì)序列的圖形化表示及其應(yīng)用的研究.pdf

1、蛋白質(zhì)作為生命的物質(zhì)基礎(chǔ)，在生命科學(xué)的研究上占有非常重要的地位。對于蛋白質(zhì)的研究而言，主要的研究內(nèi)容包括對其結(jié)構(gòu)、功能等方面的研究。通常認(rèn)為，分子的結(jié)構(gòu)決定分子的功能，同時(shí)對于蛋白質(zhì)這種生物大分子來說，其低級(jí)結(jié)構(gòu)決定了其高級(jí)結(jié)構(gòu)，因此，分析蛋白質(zhì)序列可以幫助進(jìn)行蛋白質(zhì)的高級(jí)結(jié)構(gòu)和功能等方面的的研究。蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)的比較是進(jìn)行蛋白質(zhì)序列分析的主要途徑之一。傳統(tǒng)的基于序列比對的序列比較的方法，由于其本身存在局限性使得對蛋白質(zhì)序列的比較與存儲(chǔ)

2、存在時(shí)空復(fù)雜度較大，不具有可視性等缺陷。這就催生了一些非比對的序列比較技術(shù)。圖形化表示方法作為一種非比對的序列比較方法，由于能克服或弱化這些問題而得到了大家的重視。
　　本文首先提出了三種圖形化表示蛋白質(zhì)序列的方法，分別為基于蛋白質(zhì)序列的特征模式的蛋白質(zhì)序列圖形化，基于遞歸圖的蛋白質(zhì)序列圖形化以及基于ADLD圖的蛋白質(zhì)序列對圖形化表示。這三種圖形化表示方法獲得的圖形都是2-D圖形，具有很好的可視性。其中，基于蛋白質(zhì)序列的特征模式的

3、方法比較簡單，并且圖僅由固定的點(diǎn)組成，因此時(shí)空復(fù)雜度較好。同時(shí)，基于遞歸圖的圖形化表示方法，由于這種非線性分析技術(shù)比較成熟，因此，其應(yīng)用具有很好的理論基礎(chǔ)。另外，ADLD圖的優(yōu)勢在于其能反應(yīng)兩條序列的內(nèi)在組成的差異，且分析的結(jié)果較準(zhǔn)確。其次，介紹了基于序列圖形化表示的應(yīng)用，即分析序列的相似性和進(jìn)行物種的進(jìn)化樹的構(gòu)建。通常，可通過計(jì)算不同的曲線之間的距離或提取曲線中的一些特征量再計(jì)算它們之間的差值來度量序列間的差別。另外，基于通過所獲得的