南海及北極海域四株細(xì)菌的多相分類研究.pdf

1、本論文以分離自南海和北極海域表層海水樣品的四株細(xì)菌作為研究對象，利用多相分類方法，詳細(xì)研究了這四株細(xì)菌的表型，細(xì)胞化學(xué)組成及分子遺傳學(xué)等方面的分類特征，最終基于分類特征分析分別確定了它們的分類地位。
　　1.菌株SM1501T的多相分類研究
　　菌株SM1501T分離自南海表層海水樣品。菌株SM1501T的革蘭氏染色反應(yīng)為陰性，其細(xì)胞為短桿狀，無鞭毛，好氧。該菌株生長的溫度范圍為7-42℃，生長的NaC1濃度范圍是0-11％

2、(w/v)。菌株SM1501T的主要脂肪酸是C17∶1ω6c，C15∶02-OH，C17∶1ω8c和C18∶1ω7c。該菌的極性脂包括磷脂酰乙醇胺(phosphatidylethanolamine，PE)，磷脂酰甘油(phosphatidylglycerol，PG)，鞘糖脂(sphingoglycolipid，SGL)，雙磷脂酰甘油(diphosphatidylglycerol，DPG)及磷脂酰膽堿(phosphatidylcholin

3、e，PC)。該菌的主要細(xì)胞呼吸醌是泛醌10(ubiquinone-10，Q-10)。菌株SM1501T的細(xì)胞基因組DNA G+C含量為66.8mol％。
　　菌株SM1501T與Erythrobacter屬成員的16S rRNA基因序列相似性最高(94.2-97.4％)，基于16S rRNA基因序列的系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示菌株SM1501T與Erythrobacter luteus,Erythrobacter atlanticus,Ery

4、throbacter gangjinensis及Erythrobacter marinus成簇，但形成一個獨(dú)立的進(jìn)化分支。
　　基于以上多相分類學(xué)數(shù)據(jù)，菌株SM1501T代表Erythrobacter屬的一個新種，命名為Erythrobacter nanhaiensis sp.nov.，菌株SM1501T(=KCTC42669T=CCTCC AB2015396T)為該新種的模式菌株。
　　2.菌株SM1502T的多相分類研究

5、
　　菌株SM1502T來源于北極海域表層海水樣品。菌株SM1502T革蘭氏陰性菌，細(xì)胞為桿狀，無鞭毛。菌株SM1502T生長的溫度范圍為10-40℃C，生長的NaCl濃度范圍為0-8.0％(w/v)。
　　菌株SM1502T的主要脂肪酸為iso-C15∶0，iso-C17∶1ω9c，iso-C17∶03-OH，iso-C15∶1G，C15∶0及unknown ECL13.565;其主要極性脂為磷脂酰乙醇胺(PE)，一種未鑒

6、定結(jié)構(gòu)的氨基磷脂及一種未鑒定結(jié)構(gòu)的極性脂類。菌株SM1502T的主要呼吸醌類為甲基萘醌6(menaquinone6，MK-6)。菌株SM1502T基因組DNA的G+C含量為37.0 mol％。
　　菌株SM1502T與Flavobacterium suzhouense的16S rRNA基因序列相似性最高(96.0％);在基于16S rRNA基因序列的系統(tǒng)進(jìn)化樹中，菌株SM1502T和Flavobacterium屬內(nèi)包括Flavob

7、acterium suzhouense在內(nèi)的六個已知種成簇，同時形成單獨(dú)的簇內(nèi)分支。
　　以上多相分類數(shù)據(jù)表明，菌株SM1502T代表Flavobacterium屬內(nèi)的一個新種，命名為Flavobacterium arcticum sp.nov.，菌株SM1502T(=KCTC42668T=CCTCC AB2015346T)為該種的模式菌株。
　　3.菌株SM1503T的多相分類研究
　　菌株SM1503T分離自南海表

8、層海水樣品，為革蘭氏陰性菌，其觸酶及氧化酶為陽性。菌株SM1503T生長溫度范圍在8-45℃之間，生長的NaCl濃度范圍是0-7.5％(w/v)。菌株SM1503T可以還原硝酸鹽為亞硝酸鹽，可水解Tween20、40及60。
　　菌株SM1503T的主要脂肪酸包含C17:1ω6c，C17∶0，C15∶0，C18∶1ω7c，C17∶1ω8c以及C16∶0;主要極性脂為磷脂酰乙醇胺(phosphatidylethanolamine，P

9、E)，磷脂酰甘油(phosphatidylglycerol，PG)，雙磷脂酰甘油(diphosphatidylglycerol，DPG)，鞘糖脂(sphingoglycolipid, SGL)和磷脂酰膽堿(phosphatidylcholine，PC)。該菌主要呼吸醌為泛醌10(ubiquinone-10，Q-10)，其基因組DNA的G+C含量為61.6 mol％。
　　16S rRNA基因序列比對分析表明菌株SM1503T與Sp

10、hingomonadaceae科內(nèi)Blastomonas及Parablastomonas屬已知種有最高的序列相似性(95.2-95.8％)，根據(jù)16S rRNA基因序列構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示菌株SM1503T在Blastomona及Parablastomonas進(jìn)化分支的根部形成一個獨(dú)立的進(jìn)化分枝。
　　上述多相分類數(shù)據(jù)表明，菌株SM1503T應(yīng)屬于Sphingomonadaceae科內(nèi)的一個新屬，命名為Pseudoblastomo

11、nas gen.nov.，而菌株SM1503T代表該屬內(nèi)的一個新種，命名為Pseudoblastomonas maris gen.nov.，sp.nov.，菌株SM1503T(=KCTC42715T=CCTCC AB2015347T)是該新種的模式菌株。
　　4.菌株SM1504T的多相分類研究
　　菌株SM1504T來源于北極海域表層海水樣品。菌株SM1504T革蘭氏陰性菌，嚴(yán)格好氧，無運(yùn)動性。菌株SM1504T生長的溫度

12、范圍為4-30℃，生長的NaCl濃度范圍為0-4.0％(w/v)。菌株SM1504T可水解七葉苷和明膠，但不能還原硝酸鹽為亞硝酸鹽。
　　菌株SM1504T的主要脂肪酸為summed feature3(包含C16∶1ω7c和/或iso-C15∶02-OH)和iso-C15∶0;菌株SM1504T的極性脂為磷脂酰乙醇胺(PE)和一種未鑒定的極性脂類。菌株SM1504T的主要呼吸醌類為甲基萘醌7(menaquinone7，MK-7)。

13、菌株SM1504T基因組DNA G+C含量為40.8 mol％。
　　基于16S rRNA基因序列的系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示菌株SM1504T在Cytophagaceae科內(nèi)與Lacihabitans，Emticicia，F(xiàn)luviimonas及Leadbetterella屬成員緊密成簇，但形成獨(dú)立的簇內(nèi)分枝，而該菌株與這些屬成員的16S rRNA基因序列相似性非常低(88.9-91.6％)。
　　基于上述多相分類數(shù)據(jù)分析，菌株SM1