水稻穗頸伸長(zhǎng)基因EUI2(t)的精細(xì)定位與克隆.pdf

1、該研究以秈稻長(zhǎng)穗頸突變體協(xié)青早eB2與粳稻中花14雜交的F<,2>8000個(gè)單株作為定位群體,利用Cornell大學(xué)的SSR標(biāo)記和根據(jù)美國(guó)TIGR構(gòu)建的BAC跨疊群及其堿基序列開發(fā)的SSR標(biāo)記,將EUI2(t)基因定位在41.7kb的范圍內(nèi).然后,通過檢測(cè)4個(gè)不同來源的EUI2(t)突變體的突變位點(diǎn)的方法從候選基因中確定了目的基因,進(jìn)一步利用RT-PCR的方法檢測(cè)目的基因的表達(dá).該研究的主要結(jié)果如下:1.確定與EUI2(t)基因連鎖最緊

2、密的標(biāo)記RM304與該基因的遺傳距離,并查找RM304在美國(guó)TIGR構(gòu)建的BAC跨疊群中所在的位置,下載各BAC的堿基序列,通過DNAman軟件搜索各BAC中的簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR),并用該軟件設(shè)計(jì)引物作為新的SSR標(biāo)記,構(gòu)建了EUI2(t)基因的精細(xì)遺傳圖譜,最終將EUI2(t)基因定位在一個(gè)BAC內(nèi)的兩個(gè)SSR標(biāo)記RZH25和RZH37之間.2.通過設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增共分離標(biāo)記附近的推測(cè)基因,利用酶切后電泳及測(cè)序等方法,分別檢測(cè)4個(gè)不同品

3、系來源的eui2(t)等位突變體(協(xié)青早eB2、龍?zhí)仄謊B2、D297eB2、珍汕97eB2)與它們的原親本的堿基序列差異.3.用特異引物在抽穗期取協(xié)青早B和協(xié)青早eB2穗頸基部進(jìn)行定量RT-PCR分析.4.EUI2(t)基因在基因組中的堿基序列為1576bp,包含5個(gè)外顯子,其讀碼框長(zhǎng)為933bp,共編碼311個(gè)氨基酸.對(duì)編碼的氨基酸序列進(jìn)行在線BLAST分析,發(fā)現(xiàn)其與煙草中的環(huán)氧化物脫氫酶有很高的同源性(52％).5.根據(jù)季蘭等(1