海水及海水養(yǎng)殖場(chǎng)沉積物中微生物遺傳多樣性研究.pdf

1、海洋微生物不僅在海洋生態(tài)環(huán)境和物質(zhì)循環(huán)中具有極其重要的作用,也是各種新型生物活性物質(zhì)的潛在來源.該論文采用核糖體小亞基(SSU)16S rRNA基因作為指標(biāo),對(duì)北半球太平洋西部靠近赤道海域海水及中國(guó)福建省東山縣海水養(yǎng)殖場(chǎng)沉積物中的真細(xì)菌和古細(xì)菌多樣性進(jìn)行研究.通過提取海水和沉積物樣品的總DNA,以PCR的方法構(gòu)建16S rRNA基因文庫(kù),在對(duì)文庫(kù)陽(yáng)性克隆PCR-RFLP分析的基礎(chǔ)上,對(duì)部分克隆進(jìn)行測(cè)序并用BLAST程序?qū)驇?kù)進(jìn)行同源序

2、列搜索,以PAUP軟件構(gòu)建了相關(guān)類群的系統(tǒng)發(fā)育樹.海水真細(xì)菌16S rDNA文庫(kù)的分析表明,α簇變形細(xì)菌(Alphaproteobacteria)為文庫(kù)中的優(yōu)勢(shì)類群,文庫(kù)所測(cè)的41個(gè)克隆中有21個(gè)與來自α-變形細(xì)菌的序列較為相似,占了51.2％.此外還有18個(gè)克隆與來自未培養(yǎng)或未鑒定的細(xì)菌序列相似,兩個(gè)與來自藍(lán)細(xì)菌(Cyanobacteria)的序列相似,表明文庫(kù)存在著相當(dāng)?shù)亩鄻有?我們嘗試用同樣的方法構(gòu)建海水樣品古細(xì)菌16S rDNA

3、文庫(kù),但沒有成功,提示在該海域的海水中可能沒有古細(xì)菌的存在.養(yǎng)殖場(chǎng)沉積物真細(xì)菌16S rDNA文庫(kù)的分析表明,文庫(kù)有著極高的多樣性.在文庫(kù)中,發(fā)現(xiàn)了變形細(xì)菌(Proteobacteria)、綠色非硫細(xì)菌(Green Nonsulfur Bacteria,Chloroflexi)等八個(gè)類群的相似序列.變形細(xì)菌為文庫(kù)中的優(yōu)勢(shì)類群,文庫(kù)所測(cè)的36個(gè)克隆中有14個(gè)與之相似,占了38.9%.此外文庫(kù)還有一大特點(diǎn),即綠色非硫細(xì)菌在文庫(kù)中也有相當(dāng)高的

4、比例,所測(cè)序的36個(gè)克隆中有8個(gè)與之相似,占了22.2%.對(duì)養(yǎng)殖場(chǎng)沉積物古細(xì)菌16S rDNA文庫(kù)的分析表明,17個(gè)序列與Euryarchaeota古細(xì)菌門的序列相似,占了總序列數(shù)的43.6%,有11個(gè)序列與來自Crenarchaeota古細(xì)菌門的序列相似,占了總序列的28.2%,此外還有11個(gè)序列與來自古細(xì)菌的一些環(huán)境克隆子的序列相似,表明我們古細(xì)菌文庫(kù)的多樣性是極高的.對(duì)所獲得的16SrDNA序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析表明,在大的類群上我