david使用方法介紹

1、DAVID DAVID 使用說明文檔 使用說明文檔 一、 一、 DAVID DAVID 簡(jiǎn)介 簡(jiǎn)介 DAVID （the Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）的網(wǎng)址是 http://david.abcc.ncifcrf.gov/。 DAVID 是一個(gè)生物信息數(shù)據(jù)庫，整合了生物學(xué)數(shù)據(jù)和分析工具，為大規(guī)模的基因或蛋白列表（成百上千個(gè)基因 ID 或者蛋白

2、 ID 列表）提供系統(tǒng)綜合的生物功能注釋信息，幫助用戶從中提取生物學(xué)信息。 DAVID 這個(gè)工具在 2003 年發(fā)布，目前版本是 v6.7。和其他類似的分析工具，如 GoMiner，GOstat 等一樣，都是將輸入列表中的基因關(guān)聯(lián)到生物學(xué)注釋上，進(jìn)而從統(tǒng)計(jì)的層面，在數(shù)千個(gè)關(guān)聯(lián)的注釋中，找出最顯著富集的生物學(xué)注釋。最主要是功能注釋和信息鏈接。 二、 二、 分析工具 分析工具： DAVID 需要用戶提供感興趣的基因列表，在基因背景下，使用提

3、供的分析工具，提取該列表中含有的生物信息。這里說的基因列表和背景文件的選取對(duì)結(jié)果至關(guān)重要。 1. 基因列表：這個(gè)基因列表可能是上游的生物信息分析產(chǎn)生的基因 ID 列表。對(duì)于富集分析而言，一般情況下，大量的基因組成的列表有更高的統(tǒng)計(jì)意義，對(duì)富集程度高的特殊 Terms 有更高的敏感度。富集分析產(chǎn)生的 p-value 在相同或者數(shù)量相同的基因列表中具有可比性。 DAVID 對(duì)于基因列表的格式要求為每行一個(gè)基因 ID 或者是基因 ID 用逗號(hào)

4、分隔開?；蛄斜淼馁|(zhì)量會(huì)直接影響到分析結(jié)果。這里定性給出好的基因列表應(yīng)該具有的特點(diǎn)，一個(gè)好的基因列表至少要滿足以下的大部分的要求： （1） 包含與研究目的相關(guān)的大部分重要的基因（如標(biāo)識(shí)基因） 。 圖 1 1 Gene Gene Name Batch Viewer Name Batch Viewer 的分析結(jié)果 的分析結(jié)果 （2） Gene Functional Classification 這個(gè)工具是 Gene Name Batch

5、 Viewer 工具的延伸。由于基因名稱并不能顯著體現(xiàn)基因的功能，所以我們需要更加有效的功能分類工具。該工具基于它們共同的注釋信息，而不是基因名稱，采用全新的模糊聚類算法，能夠?qū)崿F(xiàn)將功能 能夠?qū)崿F(xiàn)將功能相關(guān)的基因聚到一起 相關(guān)的基因聚到一起作為一個(gè)單元， 在生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)水平上去研究這些基因群 作為一個(gè)單元， 在生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)水平上去研究這些基因群。 對(duì)聚類結(jié)果打分， 分值越高， 代表該組內(nèi)的基因在基因列表中越重要 分值越高， 代表該組內(nèi)的基因