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1、天津大學(xué)碩士學(xué)位論文并行遺傳算法在生物序列比對(duì)中的應(yīng)用研究姓名：魏靜申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)指導(dǎo)教師：張新榮20040101ABSTRACTThemultiplesequencealignment(MSA)isofgreatvaluetotheresearchinbioinformaticssinceitsupportsthedevelopmentofGeneticSciencessuchasExpectingthefun
2、ctions&structuresofProtein，thediscoveringtheEvolutionaryRelationships，anddevelopingnewmedicineHoweverMSAproblemisknowntobeNP—hard，morestillleftundeterminedObviouslyMSAisamongthemostimportantandchallengingtaskincomputatio
3、nalbiologyAlgorithmsareclassifiedthreespecies：dynamicprogrammingmethod，progressivemethodanditerativemethodInsonlesense，theyallhavesomedeficienciesForexampledynamicprogrammingmethodCanalignwithonly8sequences；themaindisadv
4、antageofprogressivealgorithmisthelocalminimum’problemanditerativealgorithmistimeconsumingNeedleman—Wunsch(NW)algorithmisaclassicalalgorithmamongtheoptimumpairwisealignmentsGeneticAlgorithm(GA)isanapproachofiterativealgor
5、ithms，whichappearscapableoffindinggloballyoptimalmultiplealignmentsThispapercombinesNWalgorithmwithGAformultiplesequencesalignmenttoenhanceitsspeedandprecisionThisalgorithmadoptsailewcodemethodtomakeitadaptabletodifferen
6、tlengthsandsizesofsequencesWeproducerandominitialpopulationtOensuresearchforsolutionsinthewholesolutionspace，selectbettersectionsintheparentchromosomesincrossoveroperatortoproducebetterchromosome，andintroduceNWalgorithmi
7、ntomutationoperatortospeeduplocalsearchToenhancethespeed，thispaperCandynamicallycrossoverandmutationoperatewithmulti—pointaccordingtosequencelengthThispaperadoptsasynchronouscommunicationtodecreasethewaitingtimebetweenpr
8、ocesses，toconquerbottleneckproblemsbysynchronouscommunicationandtoheightenfurtheroperationspeedInconclusionaseriesofexperimentaldataandtheanalysisofresultsdemonstratethatthisnewapproachCanfindsolutionsmoreefficientlythan
9、traditionaliterativealgorithmsMoreoveritssolutionsareasgoodas，evenbetterthanprogressivealgorithmsinprecisionexceptinseveralspecialcasesKeyWords：sequencealignment，geneticalgorithm，parallelalgorithm，NeedlemanWtmschalgorith
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