基于遺傳算法的多序列比對算法研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、武漢大學碩士學位論文基于遺傳算法的多序列比對算法研究姓名：柳幼松申請學位級別：碩士專業(yè)：計算機軟件與理論指導教師：黃競偉20040501AbstractBioinformaticsisanewandvigoroussubjectThedevelopmentofbioinformaticsneedsefficientalgorithmstodealwiththetremendousbiologydataMSA(Multiplesequen

2、cealignment)isanimportanttoolforsequenceanalysisandthefoundationofthebioinformaticsButthereisnotanefficientandquickalgorithmforMSAyetInthepaperwefirstintroducetherelevantconceptsofMSAandbioinformaticsInthesecondchapterwe

3、introduceGas(geneticalgorithms)indetailThenwepresentseveralkindsofalgorithmsforMSAsimplysuchasNeedlemanWunschalgorithm，Carrillo—Lipmanalgorithm，F(xiàn)engDoolittlealgorithm，ClustalWalgorithm，Barton＆Steinbergalgorithm；HMMs(hidd

4、enmarkovmodels)andageneticalgorithmSAGA(sequencealignmentbygeneticalgorithm)Thenwediscusstheircharacteristic；OnthebasisofanalysisofalgorithmsforMSAwedesignageneticalgorithmbasedalgorithmforMSAWeuseastochasticpopulationge

5、neratingstrategyaccordingtothelengthOfalignmentinMSAusinggeneticalgorithmtoenhancethequalityofindividualscreatedandtheefficiencyofthesearchinginsolutionspace，andintroduceasystemtoadjusttheparametersofthealgorithmdynamica

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