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1、過(guò)氧化氫酶和葡萄糖氧化酶(GOD)在實(shí)驗(yàn)中被共固定在同一材料上發(fā)揮催化作用,因?yàn)镃AT能夠催化分解GOD催化過(guò)程中生成的對(duì)細(xì)胞有害的過(guò)氧化氫。本實(shí)驗(yàn)中擬采用分子動(dòng)力學(xué)模擬手段,通過(guò)連接肽將CAT和GOD構(gòu)建成連接酶,使連接酶能夠同時(shí)催化兩種底物(β-D-葡萄糖和過(guò)氧化氫)。主要進(jìn)行了以下研究:
根據(jù)實(shí)驗(yàn)條件,對(duì)CAT、GOD進(jìn)行殘基補(bǔ)全和質(zhì)子化狀態(tài)等預(yù)處理。通過(guò)連接肽,以共價(jià)鍵將CAT和GOD構(gòu)建成連接酶的初始構(gòu)象,分別記
2、為cat-ljt-god。利用Autodock將β-D-葡萄糖分別對(duì)接在GOD的活性中心。
利用Gromacs4.5.4軟件,在gromos9653A6力場(chǎng)下,對(duì)游離的CAT、GOD以及連接酶構(gòu)象cat-ljt-god在水中進(jìn)行了分子動(dòng)力學(xué)模擬。通對(duì)比游離CAT、GOD和連接酶中CAT、GOD的模擬結(jié)果,結(jié)果發(fā)現(xiàn)CAT和GOD連接后,質(zhì)心距離減小,相互作用加強(qiáng),CAT和GOD之間的殘基的相互作用致使連接酶中CAT、GOD的
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