應(yīng)用熒光標(biāo)記微衛(wèi)星技術(shù)對(duì)廣西和云南樹鼩群體遺傳多樣性的初步探討.pdf

1、目的：分析和比較廣西和云南兩個(gè)樹鼩群體的遺傳基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，以推動(dòng)樹鼩優(yōu)良品系的培育及為后續(xù)研究樹鼩肝炎模型在不同樹鼩種群間感染效率的差異提供潛在信息。
　　方法：提取廣西和云南各32只樹鼩的全血基因組DNA，采用9對(duì)多態(tài)性豐富的微衛(wèi)星引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，先用1％的瓊脂糖電泳初步檢測(cè)，再通過熒光標(biāo)記結(jié)合毛細(xì)管電泳技術(shù)檢測(cè)擴(kuò)增片段，最后通過POPGENE等多種生物信息學(xué)軟件來分析和比較兩個(gè)樹鼩群體的遺傳相關(guān)指標(biāo)，如等位基因數(shù)、有效等位基因

2、數(shù)、雜合度、多態(tài)信息含量、shannon信息指數(shù)、F-統(tǒng)計(jì)量和遺傳距離等，并對(duì)所有個(gè)體的基因型進(jìn)行貝葉斯聚類分析，探索樹鼩群體潛在的遺傳結(jié)構(gòu)。
　　結(jié)果:1、在64個(gè)樹鼩血樣品中共檢測(cè)到62個(gè)等位基因，各位點(diǎn)等位基因和有效等位基因的數(shù)目在3～14和1.314～10.002之間。每個(gè)基因座上的平均等位基因數(shù)和平均有效等位基因數(shù)分別為6.889、4.392。各位點(diǎn)觀測(cè)雜合度（Ho）和期望雜合度（He）分別在0.141～1.000和0.

3、241～0.907之間，平均觀測(cè)雜合度和平均期望雜合度分別為0.484和0.703。所有位點(diǎn)的多態(tài)信息含量（PIC）均大于O.5（0.541～0.895），平均PIC為0.725。等位基因豐度（AR）和Shannon信息指數(shù)(I)波動(dòng)范圍分別為2.995～12.824和0.484～2.419，平均值為6.388和1.490。研究結(jié)果表明所篩選的這9個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)均表現(xiàn)出較豐富的遺傳多樣性。
　　2、廣西樹鼩群體平均有效等基因數(shù)（Ne

4、）、期望雜合度（He）、多態(tài)信息含量（PIC）和shannon信息指數(shù)（I）分別為2.742、0.586、0.520和1.068，都略高于云南樹鼩群體（2.294、0.484、0.420和0.861)，但這些差異均無顯著性(PNe=0.232、PHe=0.193、PPIC=0.197和PI=0.232)；兩個(gè)群體平均期望雜合度（He）為0.703，平均多態(tài)信息含量（PIC）為0.725，表明兩個(gè)樹鼩群體都具有較豐富的遺傳多樣性。

5、　　3、兩個(gè)樹鼩群體Fis均值＞0，說明兩個(gè)樹鼩群體總體上均存在近親交配；而兩個(gè)群體Fst均值為0.235，說明總體上兩個(gè)群體間存在高度分化。哈迪-溫伯格平衡檢測(cè)結(jié)果同樣顯示兩個(gè)樹鼩群體的CCBL1B、CCDC61、EDA1和OPA3四個(gè)位點(diǎn)表現(xiàn)為極顯著偏離哈迪-溫伯格平衡，說明兩個(gè)樹鼩群體整體遺傳結(jié)構(gòu)欠穩(wěn)定，容易受到近交、選擇、突變等因素的影響。
　　4、廣西和云南樹鼩群體的遺傳距離及無偏遺傳距離分別為1.277和1.268，而

6、兩個(gè)群體的遺傳相似系數(shù)約為0.28，表明了這兩個(gè)群體間具有較大的遺傳差異和分化程度。進(jìn)一步分析兩個(gè)樹鼩群體遺傳結(jié)構(gòu)變異的分布情況發(fā)現(xiàn)，61.57%的微衛(wèi)星遺傳變異來自于群體內(nèi)部，其余38.43%存在于群體之間。STRUCTURE分析發(fā)現(xiàn)，本研究所觀察的樹鼩個(gè)體分為2個(gè)理論群：廣西和云南樹鼩為中緬樹鼩群體的兩個(gè)不同的亞種。
　　結(jié)論：廣西和云南兩個(gè)樹鼩群體的遺傳多樣性都較豐富，兩個(gè)群體間具有較大的遺傳差異和分化程度，進(jìn)一步說明所研究