一些化學(xué)信息學(xué)方法在離子液體和生物學(xué)中的應(yīng)用研究.pdf

1、化學(xué)信息學(xué)是一門隨著計(jì)算機(jī)化學(xué)和化學(xué)信息不斷發(fā)展而逐漸形成的新興邊緣學(xué)科，它的研究范圍極為廣泛，內(nèi)容非常豐富。化學(xué)信息學(xué)的發(fā)展為化學(xué)各分支學(xué)科，其中特別是分析化學(xué)、環(huán)境化學(xué)、藥物化學(xué)、有機(jī)化學(xué)、化學(xué)工程等，提供了不少解決問題的新思路、新途徑和新方法。本文將其應(yīng)用于離子液體和生物信息領(lǐng)域數(shù)據(jù)處理中。
　　 本文研究工作分為以下幾章：
　　 第一章緒論
　　 講述了分子對接方法、支持向量機(jī)和基因序列比對的發(fā)展史。先詳

2、述了分子對接方法的基本原理及分子對接空間和能量的匹配要求和優(yōu)化時(shí)的各種方法。綜述了該方法在藥物設(shè)計(jì)、藥理分析和探測生命體系等方面的應(yīng)用。后介紹了支持向量機(jī)的基本原理和在分析化學(xué)中的應(yīng)用，共引用文獻(xiàn)66 篇。
　　 第二章柯薩奇病毒A9，?？刹《?與disoxaril 抑制劑的對接計(jì)算本文選擇了柯薩奇病毒A9與埃可病毒1這兩種病毒蛋白作為研究對象，從分子水平討論了配體(disoxaril)與它們相互作用的主要影響因素。應(yīng)用分子對接

3、方法模擬配體與受體相互作用形成復(fù)合物的情況，得到了柯薩奇病毒A9和?？刹《?的活性位點(diǎn)為Tyr146，Iso144和Thr97，同時(shí)還得到了這兩個(gè)受體與disoxaril的復(fù)合物結(jié)構(gòu)、相關(guān)的氫鍵和兩分子之間相互作用能等。這些信息進(jìn)一步為多種腸道病毒的治療提供了理論基礎(chǔ)。
　　 第三章離子液體粘度的支持向量機(jī)研究本部分實(shí)驗(yàn)通過兩種離子液體參數(shù)對支持向量機(jī)的訓(xùn)練建立了預(yù)測離子液體粘度的模型，并用訓(xùn)練好的模型預(yù)測了3種離子液體的粘度。

4、結(jié)果表明該模型能夠很好地預(yù)測離子液體的粘度。最后，通過已知的離子液體粘度和已測得的離子液體粘度探討了離子液體結(jié)構(gòu)與粘度的關(guān)系。這些理論研究為離子液體性質(zhì)的研究提供了非常有價(jià)值的信息。
　　 第四章直翅目基因序列分析昆蟲綱整個(gè)直翅目線粒體基因組的研究相對較少，且主要集中于基因組全序列的報(bào)道中。本試驗(yàn)以GenBank 中昆蟲綱直翅目目前已被報(bào)道的5種線粒體基因組全序列為材料，用Matlab 中生物信息學(xué)工具箱對它們進(jìn)行了序列分析，確

5、定了這5種基因的相似性。用序列統(tǒng)計(jì)函數(shù)確定了核苷酸含量并找出它們開放閱讀框和氨基酸數(shù)目。
　　 本論文研究了disoxaril抑制劑與柯薩奇病毒A9，埃可病毒1的作用機(jī)理。得到了配體的活性位點(diǎn)分別是Tyr146，Iso144和Thr97，得到了柯薩奇病毒A9和?？刹《?與disoxaril的最佳結(jié)合模式，靜電作用(氫鍵)和兩分子之間相互作用能等。建立了基于支持向量機(jī)(support vector machine)的預(yù)測離子液體粘