基于聚類結(jié)果的基因集差異表達(dá)分析.pdf

1、本文首先介紹了基因芯片的背景知識(shí),作為眾多學(xué)者關(guān)注的研究方向,基因表達(dá)差異分析可以分為單基因分析和基因集分析。通過介紹基因表達(dá)差異分析的相關(guān)方法,同時(shí)分析各種方法的優(yōu)劣點(diǎn),本文提出基于聚類結(jié)果的基因集表達(dá)差異分析方法:GSCL。該方法考慮了以下三方面:生物性狀往往與多個(gè)基因表達(dá)有關(guān);基因表達(dá)之間一般存在相互作用;基因集數(shù)據(jù)經(jīng)常呈現(xiàn)樣本量遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于基因數(shù)的現(xiàn)象。GSCL方法的基本思路是:首先通過聚類將基因集分成若干個(gè)基因子類;其次定義基因子

2、類信息量,并以此作為該類對(duì)表現(xiàn)型影響的度量,得到對(duì)應(yīng)各子類的權(quán)重;然后通過權(quán)重向量的迅速降維;最后利用t檢驗(yàn)得到檢驗(yàn)結(jié)果。在方法的應(yīng)用上,本文首先對(duì)模擬數(shù)據(jù)進(jìn)行應(yīng)用,共考慮了四種不同協(xié)方差結(jié)構(gòu)和六種不同均值結(jié)構(gòu),然后對(duì)AML/ALL和p53兩個(gè)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集進(jìn)行應(yīng)用,得出了以下結(jié)論:當(dāng)標(biāo)準(zhǔn)差水平與兩種表現(xiàn)型下的均值之間的相差程度接近或較小時(shí),GSCL能較為準(zhǔn)確地檢驗(yàn)出數(shù)據(jù)之間的差異性;當(dāng)標(biāo)準(zhǔn)差較大時(shí),本文方法會(huì)有一定的假陽性存在;對(duì)AML/