用不依賴培養(yǎng)的方法研究西湖水域微生物的多樣性.pdf

1、微生物作為物質(zhì)循環(huán)和能量流動的主要參與者，在湖泊的生態(tài)系統(tǒng)中起著特別重要的作用。傳統(tǒng)上采用適當(dāng)?shù)呐囵B(yǎng)基分離培養(yǎng)樣品中的微生物，通過菌種鑒定來研究微生物群落的結(jié)構(gòu)。這種依賴培養(yǎng)的方法存在很大的局限性，且可培養(yǎng)的微生物只占微生物的1％左右：隨著分子生物學(xué)及其方法的發(fā)展，為了對西湖生態(tài)系統(tǒng)更全面地了解，本實驗室用不依賴培養(yǎng)的分子生物學(xué)技術(shù)對西湖水域的微生物進行研究。 我們在西湖水域5個不同的位點和深度采集水樣，通過提取水樣中的總DNA

2、，以PCR的方法分離純化微生物的總16S rDNA，連接轉(zhuǎn)化入DH5α大腸桿菌構(gòu)建16S rDNA基因文庫，挑選文庫中的陽性克隆對其16S rDNA的部分序列進行測序，并用BLAST程序?qū)驇爝M行同源序列搜索，以DNAMAN軟件構(gòu)建了相關(guān)類群的系統(tǒng)發(fā)育樹。 西湖微生物16S rDNA文庫的分析表明，文庫具有很高的多樣性。在進行了分子鑒定和系統(tǒng)分類后，結(jié)果表明在27個克隆中有9個克隆與低G+C含量的革蘭氏陽性細菌相似，它們分別是

3、Bacillussubtilis、Staphylococcussaprophyticus、 Streptococcus porcinus、Brevibacillus brevis、Bacillus sphaericus、Staphylococcuscohnii、Bacillus thusingiensis、Staphylococcus epidermidis和Bacillus simplex；6個克隆與γ-變形菌亞綱的細菌相似，它們分別

4、是Pseudomonas alcaligenes、 Escherichia coli、Shigella sonnei、Acinetobacterjohnsonii，Pseudomonasputida和Proteusmirabilis；3個克隆與α-變形菌亞綱的細菌十分接近，它們是Sphingomonas paucimobilis、Ochrobactrum lupinu和Agrobacterium rhizogenes；2個克隆與放線茵亞

5、綱的細菌序列十分相似，分別是Brevibacterium casei和Micrococcus luteus；3個克隆與藍藻門的細菌十分接近，包括Leptolyngbya nodulosa和兩個為未培養(yǎng)的藍細菌；另外，在27個克隆中還有3個克隆是屬于真核生物，它們與分別與真核生物的藻類Dinophysis norvegica、Ditylum brightwellii和Nitzschiafrustulum擁有相似的序列。此外還有一個克隆可能