斑背大尾鶯線粒體全基因組研究及其種群遺傳結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、采用長PCR擴(kuò)增和二代測序相結(jié)合的方法對斑背大尾鶯線粒體基因組全序列進(jìn)行擴(kuò)增并注釋。將序列劃分為3個(gè)不同數(shù)據(jù)集:rRNAs數(shù)據(jù)集（12S rRNA和16S rRNA）、PCGs數(shù)據(jù)集（13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因）和rRNAs+PCGs+CR數(shù)據(jù)集(12S rRNA、16S rRNA、13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因和部分控制區(qū)序列)對分布在我國6個(gè)繁殖地和2個(gè)越冬地的38個(gè)樣本的遺傳多樣性和種群遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。
　　1.斑背大尾鶯線粒體基因組全序

2、列
　　斑背大尾鶯線粒體基因組全長17968bp，包括13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因(PCGs)，22個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)RNA基因(tRNA)，2個(gè)核糖體RNA基因(rRNA)和2個(gè)控制區(qū)（D-loop區(qū)）。堿基含量為A29.7％、T24.1％、C31.9％、G14.3％，A+T％略大于C+G％。蛋白質(zhì)編碼基因的起始密碼子除COX1和ND3基因的為GTG和ATT外，其余的都為ATG，大部分終止密碼子為TAA。預(yù)測了22個(gè)tRNA基因測二級結(jié)構(gòu)，結(jié)果除t

3、RNA-Ser(AGN)的DHU臂缺失，其余所有tRNA均能形成典型的三葉草結(jié)構(gòu)，斑背大尾鶯存在兩個(gè)控制區(qū)。
　　2.遺傳多樣性分析
　　對2個(gè)rRNA、13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因和控制區(qū)的單倍型及其多樣性進(jìn)行分析，斑背大尾鶯38個(gè)個(gè)體的單倍型多樣值在0.366-0.951之間，平均值為0.647;核苷酸多樣性的范圍為0.00056-0.00485，平均值為0.00183;核苷酸均數(shù)差異為0.3898-5.0384，平均值為1.6

4、243。與同一亞科下的相近種東方大葦鶯(Acrocephalus orientalis)，同目不同科的雜色山雀（Parus varius），不同目的鷓鴣（Francolinus pintadeanus）相比，斑背大尾鶯的遺傳多樣性多處于較低水平。
　　3.種群遺傳結(jié)構(gòu)分析
　　所有種群間遺傳距離最大的ST種群和DYB種群，從構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹和NETWORK網(wǎng)絡(luò)圖看出，除ST種群分化明顯外，其他種群并未按地理種群聚集在一起，而是