雪兔線粒體全基因組結(jié)構(gòu)、遺傳多樣性及其系統(tǒng)進(jìn)化分析.pdf

1、雪兔為國(guó)家二級(jí)保護(hù)動(dòng)物，其遺傳分化、系統(tǒng)分類和進(jìn)化一直處于爭(zhēng)議中。本文從其線粒體全基因組和D-loop區(qū)序列探討雪兔遺傳多樣性和系統(tǒng)進(jìn)化。雪兔線粒體基因組全長(zhǎng)約為17750bp，其中包括13個(gè)蛋白質(zhì)的編碼基因(PCGs)、22個(gè)tRNA基因、2個(gè)rRNA基因和2個(gè)控制區(qū)，與其他兔屬動(dòng)物線粒體全基因組的排列順序完全一致。37個(gè)被編碼的基因中，9個(gè)由輕鏈（L鏈）編碼，為ND6基因和8個(gè)tRNA基因，其它28個(gè)均由重鏈（H鏈）編碼。堿基含量A

2、+T(61.26％)大于C+G(38.74)％，重鏈上的C堿基所占比例明顯多于G堿基。雪兔線粒體基因組全序列各基因間隔區(qū)域共有9處，基因重疊區(qū)域共有14處。13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因的總長(zhǎng)為11393 bp。其起始密碼子主要為ATG，有3個(gè)為ATT。終止密碼子大部分為T(mén)AA，其它多為不完全終止密碼子。密碼子使用頻率最高為CGA，最低為CGG。氨基酸使用頻率最高的為Ala、Ile、Leu、Ser和Thr。tRNA預(yù)測(cè)的二級(jí)結(jié)構(gòu)，除tRNA-Se

3、r(AGY)的DHU臂缺失，其余tRNA都是典型的三葉草結(jié)構(gòu)，共存在29處堿基錯(cuò)配。雪兔線粒體DNA的L-復(fù)制起始區(qū)長(zhǎng)43bp，D-loop區(qū)位于15448～17755之間，長(zhǎng)約2299bp，其D-loop區(qū)的串聯(lián)重復(fù)區(qū)(TRS)由31個(gè)ACCCACGTAC和GCGCACGTAC的十堿基重復(fù)序列組成。
　　不同地理位置采集的雪兔個(gè)體的線粒體全基因序列稍有差異，其中采自阿爾山市的228號(hào)的差異最為明顯。兔屬動(dòng)物的13個(gè)蛋白基因和2個(gè)

4、rRNA基因中，12S rRNA變異最小，ND4L基因變異最大，而ND3基因在雪兔種內(nèi)變異最大。
　　所研究的雪兔D-loop區(qū)序列單倍型多樣性Hd為1，沒(méi)有單倍型共享現(xiàn)象。核苷酸多樣性π為0.04294;核苷酸差異均數(shù)(k)為47.36575。共分化為三支，不同地區(qū)雪兔之間有著較頻繁的基因交流，歷史上種群處于動(dòng)態(tài)平衡。
　　不同方法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)基本一致，雪兔個(gè)體都位于北極譜系內(nèi)。7個(gè)線粒體全基因組中，7個(gè)個(gè)體無(wú)