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文檔簡(jiǎn)介
1、本研究測(cè)定了拉薩裸裂尻魚(Schizopygopsisyounghusbandi)、異齒裂腹魚(Schizothorax oconnori)和拉薩裂腹魚(Schizothorax waltoni)(鯉科:裂腹魚亞科)的線粒體全基因組序列,并對(duì)其進(jìn)行了注釋與分析,以充實(shí)線粒體基因組數(shù)據(jù)庫。本研究聯(lián)合GenBank中所收錄的共計(jì)63種鯉形目魚類線粒體全基因組數(shù)據(jù),構(gòu)建了鯉科系統(tǒng)發(fā)育樹,分析各亞科間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系并估算分歧時(shí)間;在此基礎(chǔ)上,應(yīng)
2、用PAML程序?qū)ο到y(tǒng)發(fā)育樹上所有分支進(jìn)行適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè);針對(duì)檢測(cè)到發(fā)生適應(yīng)性進(jìn)化的拉薩裸裂尻魚,構(gòu)建了拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫,并對(duì)得到的EST片段進(jìn)行了測(cè)序和生物信息學(xué)分析,以期了解拉薩裸裂尻魚肝臟中基因的總體表達(dá)狀況。本研究所獲得的主要結(jié)果如下:
1)測(cè)定了拉薩裸裂尻魚、異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚的線粒體全基因組,三種裂腹魚的線粒體全基因組為雙鏈環(huán)狀分子,全長分別為16,593bp,16,567bp、16,589bp,均含
3、有13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、2個(gè)rRNA基因、22個(gè)tRNA基因及一個(gè)D-Loop區(qū);三種裂腹魚的基因排列和轉(zhuǎn)錄方向與其它鯉科魚一致。
2)拉薩裸裂尻魚的線粒體基因組全序列中A+T%含量為56%;異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚的線粒體基因組全序列中A+T%含量均為54.8%,三種裂腹魚堿基組成均具有一定的A/T堿基偏向性。
3)在蛋白質(zhì)編碼基因的起始密碼子使用方面,除COX1基因以特殊的GTG作為起始密碼子外,其余均以ATG作為
4、起始密碼子;在終止密碼子使用方面,拉薩裸裂尻魚的COX2、COX3、ND4和CYTB為不完全終止密碼子TA或T,其余基因均為典型的終止密碼子TAG或TAA。異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚的ATP6、COX2、ND2、ND4、ND5和CYTB為不完全終止密碼子TA或T,其余均為典型的終止密碼子TAG或TAA。
4)拉薩裸裂尻魚、異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚線粒體基因組rRNA序列比較保守;tRNA均屬于典型的三葉草結(jié)構(gòu);D-Loop區(qū)長度分別
5、為933bp,935bp和935bp,且含有一段保守的終止結(jié)合序列TAS,3個(gè)中央保守序列CSB-F、CSB-E、CSB-D,3個(gè)保守序列CSB-1、CSB-2、CSB-3。
5)利用線粒體基因組rRNAs&PCGs和PCGs(不包括ND6基因)2組數(shù)據(jù)集對(duì)鯉科魚類進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育研究,結(jié)果表明:(1)裂腹魚亞科與鯉亞科、鲃亞科親緣關(guān)系較近;原始等級(jí)的裂腹魚和特化等級(jí)的裂腹魚是單系群且互為姐妹群。(2)裂腹魚亞科的分化時(shí)間大約在
6、51.7Mya-67.5Mya,地質(zhì)學(xué)上這一時(shí)期正值印度-亞洲大陸碰撞形成青藏高原,為青藏高原是裂腹魚類的起源和分化中心提供了分子數(shù)據(jù)的支持。(3)利用PAML對(duì)鯉科rRNAs& PCGs聯(lián)合基因進(jìn)行適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)?!胺种P汀睓z測(cè)到拉薩裸裂尻魚的祖先支是唯一一支可能存在正選擇的分支;“分支-位點(diǎn)模型”檢測(cè)到6個(gè)基因共11個(gè)正選擇位點(diǎn)。
6)拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的庫容為:1.86×106×6=1.12×107CFU。重
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