2430.三種鸻形目鳥類線粒體全基因組結(jié)構(gòu)及其分子系統(tǒng)學(xué)研究

1、參短吠磐碩士學(xué)位論文學(xué)柱代碼z10357措級：保密期限：三種鵒形目鳥類線粒體全基因組結(jié)構(gòu)及其分子系統(tǒng)學(xué)研究ThecompIeremitoohondriaIgenomeandmoIeCUIarphyIogenyofthreeshorebirds學(xué)號姓名一級學(xué)科二級學(xué)科指導(dǎo)教師完成時間X14201001程園園生態(tài)學(xué)生態(tài)學(xué)周立志教授2017年5月摘要JIIIIIrllIlUIIIIIllJllllIIIIY3214047鵒形目包括鷗亞目、鵒亞

2、目和海雀亞目3個亞目，其分類一直存在較多的爭議，線粒體基因組數(shù)據(jù)和分子系統(tǒng)學(xué)目前是解決分類問題的有效途徑之一。本研究通過PCR反應(yīng)獲得鶴鷸(Tringaerythropus)、林鷸(Tringaglareola)和針尾沙錐(Gallinagostenura)三種鵒形目鳥類的線粒體全基因組序列，利用生物信息學(xué)相關(guān)軟件對其基因組成、排列順序、堿基組成、起始密碼子和終止密碼子、密碼子使用頻率等相關(guān)特征比較分析，了解鵒形目鳥類線粒體因組的排列順

3、序和相關(guān)特征，分析鶇形目鳥類遺傳特性。結(jié)合GenBank中己公開的15種鵒形目鳥類線粒體全基因序列，利用生物信息學(xué)軟件構(gòu)建鵒形目的系統(tǒng)發(fā)生樹，確定三種鵒形目鳥類在鵒形目中的分類地位，探討鵒形目部分爭議較大的問題，為鵒形目鳥類分子系統(tǒng)學(xué)研究提供更多的資料。主要結(jié)果如下：1三種鵒形目鳥類鶴鷸、林鷸和針尾沙錐的線粒體全基因組全長分別為16683bp、16804bp和18153bp，包括37個基因組：13個蛋白質(zhì)編碼基因(NDl、ND2、COI

4、、COII、ATP8、ATP6、COIII、ND3、ND4L、ND4、ND5、Cytb和ND6)、22個tRNA、2個rRNA基因(12SrRNA基因和16SrRNA基因)和一個DLoop區(qū)。2三種鵒形目鳥類線粒體全基因序列的AT含量均高于GC，PCG數(shù)據(jù)集(除ND6外的12個蛋白質(zhì)編碼基因)、rRNA數(shù)據(jù)集(12SrRNA和16SrRNA)及DLoop區(qū)序列的AT含量也都高于GC。13種蛋白質(zhì)編碼基因的起始密碼子主要是ATN和GTG，

5、與其他脊椎動物具有明顯差異。蛋白質(zhì)編碼基因終止密碼子以AGG、TAA、AGA、T一和TAG為主，都是鳥類的常見終止密碼子。318種鵒形目鳥類系統(tǒng)發(fā)生樹研究結(jié)果表明，鵒形目分為三個亞目，即鷗形目、鵒亞目和鷸亞目。系統(tǒng)樹支持鷗類鳥作為亞目，隸屬于鵒形目；鷸類屬于最晚化出來的。鷸亞目包括水雉科和鷸科，鷸屬、勺嘴鷸屬、沙錐屬和翻石鷸屬具有較近的親緣關(guān)系。鶴鷸和林鷸屬于鷸屬，親緣關(guān)系較近，可能來自同一祖先。針尾沙錐隸屬于鷸科沙錐屬，是鷸科中較早分