基于基因組全序列的分子系統學方法研究.pdf

1、越來越多的全基因組序列測序完成，隨之而來的是很多新的基于全基因組的系統學方法出現，這些方法大多是整體分析比較基因組中整套或大部分的基因，比較基因的獲得、丟失、轉座等，已證實基于基因組方法至少在原核生物中是適用的。這些方法中包括有基因組成(Genecontent)，基因順序(Geneorder)和組分距離法等，其中組分距離方法系統樹的重建基于蛋白質組組分差異，并不需要對序列進行比對的方法。 本論文基于本實驗室在寡聚核苷酸頻率保守

2、性方面研究的成果，并基于短的寡聚核苷酸具有保守性及物種差異性的假設，統計不同全基因組序列中寡聚核苷酸的頻率，依據寡聚核苷酸組分變化波動構建權重矩陣，并對寡聚核苷酸組分加上權值。實驗嘗試基于寡聚核苷酸組分差異的方法構建系統樹，以基因組全序列為對象，直接應用基因組中寡聚核苷酸組分及加上權值后的差異計算生物物種間的距離，根據距離構建系統樹。本系統樹構建方法的優(yōu)點是基因組全部的信息都被考慮到，是真正意義上的基因組樹，系統樹構建是基于非比對的算法

3、，特點是第一次應用寡聚核苷酸頻率保守性加權。實驗的另一部分工作是構建了194條原核生物全基因組序列，1-6長度的寡聚核苷酸頻率、頻數數據庫。 從本實驗結果來看頻率差異對科以下的分類階元的系統學研究較傳統的方法有其可取之處，雖然增大了親緣關系很近的物種的進化距離，關系很近的物種還是可以很好的聚集和其他關系遠的物種分開，加上權值一般有改變，但照目前的權值來看是起到微調的作用。真核和原核用適當的頻率頻數也可以區(qū)分開來，但是對于科以上