基因組寡聚核苷酸信息特征分析及在分子系統(tǒng)學(xué)中的應(yīng)用.pdf

1、傳統(tǒng)的分子系統(tǒng)發(fā)育研究大多是基于單基因或部分基因組序列比對分析，隨著分子生物學(xué)實驗技術(shù)的發(fā)展，越來越多物種的全基因組已測序完成，這使得應(yīng)用基因組全序列中的信息進行系統(tǒng)發(fā)育分析成為可能，而且有利用非比對的方法進行系統(tǒng)發(fā)育研究的趨勢。 結(jié)合本實驗室以往在寡聚核苷酸頻率保守性和用寡聚核苷酸頻率構(gòu)建系統(tǒng)樹等方面的研究成果，本論文嘗試以基因組全序列為分析對象，利用寡聚核苷酸在基因組全序列中組分和分布的信息差異計算物種間的進化距離進而構(gòu)建

2、系統(tǒng)樹。該方法的特點是利用基因組全序列，并通過非比對的手段計算距離矩陣。本研究通過計算同一寡聚核苷酸在基因組中的分布距離來計算不同物種間的差異，并且結(jié)合本實驗室對寡聚核苷酸組分的研究結(jié)果構(gòu)建距離矩陣。此外，還將該方法用于構(gòu)建單基因樹，作為對比來分析有關(guān)算法的優(yōu)劣。同時，實驗中也嘗試采用寡聚核苷酸組分在基因組全序列中不同區(qū)域的分布差異來構(gòu)建系統(tǒng)樹。本論文還通過分析基因組全序列中二核苷酸分布距離的狀況及其相關(guān)性，討論基因組全序列中的單鏈對稱

3、性問題。 結(jié)果表明，利用寡聚核苷酸在基因組全序列中組分和分布的信息差異構(gòu)建系統(tǒng)樹的方法可以將科以下親緣關(guān)系較近的分類單元較好地聚類，用該方法構(gòu)建單基因樹如SSu rRNA則和傳統(tǒng)樹的樹形有很大相似性，特別是對于原核生物聚類效果比較好，說明該方法有一定的可取之處。用寡聚核苷酸組分在基因組全序列中不同區(qū)域的差異構(gòu)建系統(tǒng)樹并沒有很大的改善，也是只對親緣關(guān)系比較近的分類單元聚類較好。本論文對有關(guān)結(jié)果的原因進行初步的探討。此外，通過對所