三種鳈屬魚類線粒體全基因組的測序與比較.pdf

1、華鳈、小鳈和黑鰭鳈，隸屬于鯉形目（Cypriniformes）鯉科(Cyprinidae)鮈亞科(Gobioninae)鳈屬(Sarcocheilichthys)。鳈屬魚類是中國分布較廣泛的中下層水體的小型魚類，由于其肉質(zhì)細嫩、營養(yǎng)價值高、色澤鮮亮、體型較小、易飼養(yǎng)等特點，作為肉用和觀賞兼用魚類受到人們的喜愛。目前，國內(nèi)外在鳈屬魚類的分類、分布、食性、飼養(yǎng)馴化等方面進行了零星的報道，而在其遺傳結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)發(fā)生方面則缺乏系統(tǒng)的研究與報道。本

2、研究以PCR擴增技術(shù)為基礎(chǔ)，成功獲得了華鳈、小鳈和黑鰭鳈線粒體基因組DNA的全序列，利用生物物信息學(xué)相關(guān)軟件進行了基因結(jié)構(gòu)和特征的比較分析,聯(lián)合已知線粒體基因組的鯉科部分魚類進行了系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建及分析,同時采用多個線粒體DNA片段標(biāo)記探討了已知序列的五種鳈屬魚類的遺傳分化和系統(tǒng)發(fā)生情況。研究結(jié)果為我國鳈屬魚類的分類和種間親緣關(guān)系的研究、資源利用和保護提供提供了科學(xué)依據(jù)。主要研究結(jié)果如下：
　　1.成功獲取了鳈屬三種魚類的mtDN

3、A全序列，三種魚的mtDNA的長度分別為華鳈：16683 bp，小鳈：16674 bp，黑鰭鳈：16679 bp。其基因排列順序與己知鯉科魚類線粒體基因組一致,均包括13個蛋白質(zhì)編碼基因、22個tRNA基因、2個rRNA基因(12SrRNA和16SrRNA)和一個非編碼區(qū)(D-Loop區(qū))。其中tRNAGln、tRNAPro、tRNAAla、tRNAGlu、tRNACys、tRNAAsn、tRNATyr和tRNASer(UCN)8個tR

4、NA基因與ND6共9個基因由L鏈編碼,其余28個基因則是由H鏈編碼。
　　2.華鳈、小鳈和黑鰭鳈的A+T含量分別為56.78％、56.34%、56.45%,平均A+T含量56.52%，明顯高于G+C含量，表現(xiàn)出明顯的A+T偏好性。A+T富集的D-Loop區(qū)，A+T含量平均值高達67.71%，明顯高出全序列的平均值。
　　3.13個蛋白編碼基因除COX1以GTG為起始密碼子，其余12個均以ATG為起始密碼子。其中ND6基因由L

5、鏈編碼，H鏈編碼其余的蛋白編碼基因。三種魚的蛋白編碼基因的長度分別為：華鳈（11427bp）、小鳈（11424 bp）、黑鰭鳈（11421 bp）。其長度差別表現(xiàn)在在ND2，ND4L和Cytb三個蛋白編碼基因上。
　　4.通過進化樹的遺傳距離可知三種鳈屬魚類中，華鳈和小鳈的親緣關(guān)系相對較近。通過Cytb,D-Loop區(qū)所構(gòu)建的進化樹和全序列構(gòu)建的進化樹所得結(jié)果基本一致。而12S和16S兩個核糖體RNA相對比較保守。本研究結(jié)果表明親