臨床分離的Janibacter全基因組從頭測(cè)序及比較基因組學(xué)研究.pdf

1、本論文在臨床微生物診斷中，發(fā)現(xiàn)并分離了一株少見細(xì)菌—Janibacter。我們首先通過擴(kuò)增該分離株的16s rDNA并進(jìn)行測(cè)序、序列比對(duì)，確定該分離株屬于Janibacter菌屬，因此，命名為Janibacter YFY001株。與此同時(shí)，我們驗(yàn)證了該細(xì)菌的藥敏實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn) JanibacterYFY001株對(duì)利福平、頭孢他啶和克林霉素耐藥。由于該菌屬于高GC％含量菌種，所以，我們結(jié)合第二代和第三代基因組測(cè)序技術(shù)，對(duì)所提取的Janibac

2、ter全基因組進(jìn)行測(cè)序，并獲得了YFY001株的全基因組信息。YFY001株全基因組大小為3.40Mbp，GC%為71.46%。隨后，我們對(duì)其中可能與致病相關(guān)的調(diào)控系統(tǒng)以及致病因子，進(jìn)行注釋；并借助比較基因組的研究方法，將YFY001株與已經(jīng)報(bào)道的兩株環(huán)境株：HTCC2469和holey進(jìn)行比較分析。最終發(fā)現(xiàn)了911個(gè)核心蛋白；而有1039個(gè)蛋白特異地存在于YFY001株中。本論文借助全基因組測(cè)序的方法，對(duì)臨床分離的高 GC含量的Jan