豬霍亂沙門氏菌SC-B67全基因組測序和比較基因組學(xué)研究.pdf

1、本文詳細報道了人畜共生菌豬霍亂沙門氏菌株SC-B67(Salmonella entericaserovar Choleraesuis strain SC-B67)的全基因組測序以及與Salmonella Typhi,Salmonella Typhimurium，Salmonella Paratyphi A的比較基因組學(xué)分析。介紹了他們在染色體和質(zhì)粒的保守性，致病性，抗藥性，移動序列，代謝調(diào)控以及在進化方面的異同點。
　　 S.C

2、holeraesuis SC-B67基因組由一條染色體和兩個質(zhì)粒組成.其中染色體的長度為4，755，700 bp，編碼4447個ORF。假基因的個數(shù)為151個，其中大多數(shù)在S. Typhimurium及S.Typhi中是保持完整的。有一些假基因是與細菌的運動性和化學(xué)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)代謝途徑相關(guān)的。我們推測因為這些假基因的引入，使細菌能夠更加平滑的運動，從而使細菌與上皮細胞的互相作用更加的有效，進而能夠?qū)е录毦l(fā)生高頻率的入侵作用。2個質(zhì)粒中，大

3、質(zhì)粒pSC138的長度為138，742 bp，編碼176個ORF，pSC138有8個插入序列以及7個轉(zhuǎn)座子.這些可移動元件使pSC138具有很高的可塑性，能夠與其他細菌和質(zhì)粒進行遺傳物質(zhì)的交流.與這些可移動因子伴隨著的是抗藥基因，包括dhfr((甲氧氨嘧啶)，sulI和sulII(磺胺類藥物)，catl和cmlA(氯霉素)，bla(TEM-1；氨比西林)，strA和aad2(鏈霉素)，tetR(四環(huán)素)，aph(卡那霉素)，sat(鏈絲

4、菌素)，mef(大環(huán)內(nèi)酯物)，mer(水銀)，ebr(溴乙非啶)和qac(季胺類化合物).pSC138幾乎對現(xiàn)在在臨床上應(yīng)用的所有主流抗生素都具有抗藥性.這些基因都是pSC138通過插入序列而獲得的。pSC138所攜帶的抗藥性能夠顯著的提高沙門氏菌在不同宿主環(huán)境中的存活率.另外一個質(zhì)粒是pSCV50，長度為49，588bp，編碼52個ORF.我們將它與已測序的pKDSC50致病質(zhì)粒進行了比較，發(fā)現(xiàn)總共具有42處92個核苷酸的不同.突變多

5、發(fā)區(qū)主要集中在功能位置區(qū)域和非毒性相關(guān)的轉(zhuǎn)移區(qū)。而其他位置的變化速率比較平穩(wěn)，反應(yīng)了因為功能重要性的不同，所以受到進化選擇的壓力也不一樣，與毒性相關(guān)區(qū)域的進化溫和且緩慢，表明它們對細菌完成侵染和自身生存具有重要的意義。
　　 我們還對另外一株豬霍亂沙門氏菌OU7519的具毒性及抗藥性質(zhì)粒pOU7519進行了測序。該質(zhì)粒全長為127，212 bp，編碼146個ORF.進行序列比對后發(fā)現(xiàn)pOU7519由2，015-49，558的位置