利用全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定雞腸炎沙門氏菌感染相關(guān)基因及其mRNA表達(dá)調(diào)控.pdf

1、腸炎沙門氏菌不僅是威脅家禽養(yǎng)殖業(yè)的一大危害性病原菌，而且是重要的食源性病原菌，容易造成食物中毒，引起人腸道疾病，危害著人類健康發(fā)展。畜禽產(chǎn)品、蛋類、肉制品是腸炎沙門氏菌重要的傳染源，而且腸炎沙門氏菌有著廣泛的傳播途徑，包括人類在內(nèi)的廣泛易感動(dòng)物，是造成預(yù)防和控制腸炎沙門氏菌比較困難的重要原因。
　　全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）是在基因組范圍內(nèi)篩選影響遺傳變異的高效能分析方法，具有統(tǒng)計(jì)效力高、精準(zhǔn)度高等特點(diǎn)，并廣泛應(yīng)用于動(dòng)物重要經(jīng)濟(jì)

2、性狀以及人類復(fù)雜疾病遺傳學(xué)的研究。
　　本研究通過(guò)腸炎沙門氏菌感染200只濟(jì)寧百日雞，采用case-cntrol實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，利用600K雞高密度芯片對(duì)盲腸內(nèi)沙門氏菌含量差異較大的濟(jì)寧百日雞進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS），在全基因組范圍內(nèi)篩選與腸炎沙門氏菌感染相關(guān)的基因或分子標(biāo)記，通過(guò)實(shí)時(shí)定量PCR，進(jìn)一步分析每個(gè)相關(guān)基因不同基因型的表達(dá)量與腸炎沙門氏菌感染的相關(guān)性，探討腸炎沙門氏菌感染相關(guān)基因的表達(dá)調(diào)控。
　　（1）通過(guò)GW

3、AS分析，共檢測(cè)到3個(gè)SNPs與腸炎沙門氏菌感染顯著關(guān)聯(lián)，分別位于3個(gè)不同的基因；其中rs313644723（C/T）位于1號(hào)染色上，基因Wnt7b（wingless-type MMTV integration site family）位于rs313644723（C/T）位點(diǎn)上游；rs80757564（G/T）位于5號(hào)染色體上,LRP5（low density lipoprotein receptor-related protein5）

4、基因第11段內(nèi)含子上；rs313281555（A/G）位于9號(hào)染色體上LPP（LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma）第7段內(nèi)含子上。
　?。?）差異SNPs位點(diǎn)不同基因型個(gè)體與盲腸沙門氏菌含菌量相關(guān)性分析結(jié)果：rs80757564（G/T）位點(diǎn)，GG基因型和TT、GT兩基因型相比差異顯著（P＜0.01），TT和GT兩基因型之間沒(méi)有顯著差異；r

5、s313281555（A/G）位點(diǎn)基因型之間，GG基因型和AA、AG兩基因型之間有極顯著差異，AA和AG兩基因型之間沒(méi)有顯著差異；rs313644723（C/T）位點(diǎn)基因型之間，CC基因型和TT、CT基因型之間差異顯著（P＜0.05），TT和CT基因型之間沒(méi)有顯著差異，且該位點(diǎn)與Tilquin等人研究白來(lái)航雞感染沙門氏菌感染后泄殖腔內(nèi)沙門氏菌含量相關(guān)的QTL（CLOAC-ST）相一致。
　?。?）熒光定量PCR結(jié)果表明：在盲腸和脾

6、臟組織中，對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組各候選基因不同基因型之間沒(méi)有顯著差異；而在不同基因型個(gè)體之間，在盲腸和脾臟組織中，LPP基因不同基因型之間沒(méi)有顯著差異；在脾臟組織中,基因Wnt7b，TT基因型顯著高于CC基因型（P＜0.05）；LRP5基因中，位點(diǎn)G15802980T的 TT基因型和TG基因型的表達(dá)量極顯著高于GG基因型（P＜0.01）。盲腸組織中Wnt7b各基因型之間具有顯著差異（P＜0.05），而LRP5各基因型之間沒(méi)有顯著差異，但是兩基因