幾種模式生物密碼對(duì)的使用和基因組進(jìn)化.pdf

1、本文共三章:第一章研究了大腸桿菌和釀酒酵母全基因組中密碼對(duì)的使用,通過密碼對(duì)的觀察值與隨機(jī)期望值的比較,發(fā)現(xiàn)密碼對(duì)的使用有很強(qiáng)的偏好性,密碼對(duì)的觀察值與期望值的分布是隨機(jī)的;此外,按照Boycheva定義的標(biāo)準(zhǔn)(△REG)研究了密碼對(duì)的使用與基因表達(dá)水平的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)酵母與大腸桿菌兩類生物的密碼對(duì)使用與基因表達(dá)水平的關(guān)系是相似的;高表達(dá)基因偏好△REG為正值的密碼對(duì),而低表達(dá)基因偏好△REG為負(fù)值的密碼對(duì)。通過曲線的相似性分析,可以推測(cè),

2、真核生物釀酒酵母與原核生物大腸桿菌在密碼對(duì)的使用上,其機(jī)理是相似的。第二章研究了9種模式生物密碼對(duì)的使用與生物進(jìn)化的關(guān)系,以三種古核菌、三種原核生物、三種真核生物基因組為樣本,分別分析了編碼序列中密碼對(duì)、基因間序列中三聯(lián)體對(duì)的模式數(shù)目隨其頻數(shù)的分布,驗(yàn)證了這種分布是Г(α,β)分布。編碼序列的分布參數(shù)α和β與基因組進(jìn)化相關(guān),基因間序列的分布參數(shù)α與進(jìn)化的相關(guān)性與編碼序列不同。發(fā)現(xiàn)古菌的編碼序列進(jìn)化與原核生物編碼序列進(jìn)化很接近,但基因間序